Podstawy bioinformatyki

Linux podobnie jak MacOS X są systemami opartymi na Unixie. Wiele programów  linuxowych działa z poziomu terminala – dlatego aby móc ich używać należy poznać  podstawowe komendy systemu Unix.   Nauczycie się m. in. jak tworzyć, kopiować, przenosić i kasować pliki oraz katalogi.  Jest to oczywiści...

Ćwiczenie III Analiza danych z RFLP Przygotowanie pliku wsadowego bazującego na  profilach trawiennych RFLP - przetwarzamy prążki na żelu powstałe w wyniku  trawienia enzymami restrykcyjnymi w informację 0/1  - z profili trawiennych ...

Analiza sekwencji DNA Przygotowywanie danych po  sekwencjonowaniu Badane fragmenty DNA sekwencjonujemy na obu  niciach – forward oraz reverse. Ma to na celu sprawdzenie poprawności  sekwencjonowania – eliminacje błędów mogących  pojawid się podczas amplifikacji DNA Przygotowywanie danych po  sekw...

Ćwiczenie 06    Obliczanie  współczynnika  zaburzenia  równowagi  Hardyego-Weinberga  przy  pomocy  programu GDA    Praca samodzielna:  -  dla 20-tu osobników i 3 loci wybranych z własnego zbioru danych proszę przygotować plik  wsadowy dla programu GDA (wzór struktury pliku podano na dole)  -  pr...

Bioinformatyka CWICZENIE 7  1.  Zasady stosowania pakietu SAS - prezentacja.  2.  Omówienie programu SAS stosowanego na ćwiczeniach.  3.  Samodzielne  przygotowanie  programu  w  SAS  słuzącego  do  obliczabia  wsp.  rekombinacji  pomiędz...

Bioinformatyka CWICZENIE 9  1.  Przypomnienie zasad analizy asocjacyjnej (model, hipotezy, test).  2.  Omówienie programu SAS przeznaczonego do przeprowadzenia analizy asocjacyjnej.  3.  Samodzielne przygotowanie programu w SAS.  4.  Anal...

Przyrównywanie sekwencji Przyrównywanie sekwencji Mając dwie lub więcej sekwencji chcemy: • określid ich podobieostwo • zbadad powiązania pomiędzy poszczególnymi  miejscami w sekwencjach • zaobserwowad wzory podobieostw • wykryd związki ewolucyjne między sekwencjami Przyrównywanie sekwencji Rodza...

Drzewa filogenetyczne Drzewa filogenetyczne Proszę wykonad drzewa bazujące na  aligmentach wykonanych w poprzednim  tygodniu, w oparciu o metody  - parsymonii - bioNJ - ML Czy są widoczne różnice w ułożeniu gałęzi na  drzewie ? Z czego te różnice mogą wynikad ? Drzewa filogenetyczne Proszę znaleź...

Podstawy_bioinformatyki Dwiczenie I Bazy danych - Genbank Celem ćwiczenia będzie zapoznanie się z  zasobami oraz podstawowymi narzędziami  bazy danych NCBI (National Center for  Biotechnology Information) Podstawowe informacje na temat bazy NCBI  można zdobyć zapoznając się z dostępnymi  tutorial...

Bioinformatyka  Dw01  Analiza Filogenetyczna 1    Wstęp teoretyczny. Przedstawienie najważniejszych informacji związanych z filogenetyką  molekularną.       Sequence alignment  1.  Dyskusja. Jakie informacje przechowują sekwencje kwasów