Podstawy bioinformatyki - ćwiczenia 7

Nasza ocena:

5
Pobrań: 14
Wyświetleń: 896
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Podstawy bioinformatyki - ćwiczenia 7 - strona 1

Fragment notatki:


Bioinformatyka CWICZENIE 7  1.  Zasady stosowania pakietu SAS - prezentacja.  2.  Omówienie programu SAS stosowanego na ćwiczeniach.  3.  Samodzielne  przygotowanie  programu  w  SAS  słuzącego  do  obliczabia  wsp.  rekombinacji  pomiędzy  markerami z własnego zbioru danych:    przeliczyć wsp. rekombinacji na cM przy uzyciu funkcji Haldane'a    przeliczyć wsp. rekombinacji na cM przy uzyciu funkcji Kosambi    Wzór programu:    /* czytanie danych */  data REKOMB ;    infile "[podać ścieżkę i nazwę pliku z danymi]" ;    input @1 ID        /* numer osobnika */          @3 L1A1  @4 L1A2   /* allel 1 i 2 w markerze 1 */          @6 L2A1  @7 L2A2   /* allel 1 i 2 w markerze 2 */          @8 L3A1  @9 L3A2   /* allel 1 i 2 w markerze 1 */   [kontynuować dla wszystkich markerów]  ;    /* tworzenie haplotypów dwumarkerowych */  data REC1 (keep=H12) ;    set REC ;    H12=L1A1*10+L2A1 ; output ;    H12=L1A2*10+L2A2 ; output ;   [kontynuować dla pozostałych par markerów: 2-3, 3-4 itd.]  run ;    /* obliczanie liczebności poszczególnych haplotypów */  proc freq data=REC1 ;    tables H12 / out=COUNTHAP12 ;    tables H23 / out=COUNTHAP23 ; [dla pozostałych haplotypów]  run ;    /* sortowanie haplotypów wg liczbności */  proc sort data=COUNTHAP12 ; by COUNT; run ;  proc sort data=COUNTHAP23 ; by COUNT; run ;      /* obliczanie wsp. rekombinacji i cM wg funkcji Haldane'a */  [kontynuować dla pozostałych haplotypów]  data COUNTHAPa12 ;    retain N 0 ;    set COUNTHAP12 ;    N=N+1 ;  run ;  data REC2 ;    retain REC 0 NREC 0 ;    set COUNTHAPa12 ;    if N=1 or N=2 then REC=REC+COUNT ;    else if N=3 or N=4 then NREC=NREC+COUNT ;    RECOMBINATION=REC/(REC+NREC) ;    HALDANE_CM=-0.5*log(1-2*RECOMBINATION) ;  run ;  proc print data=REC2 ; run ;  ... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz