Podstawy bioinformatyki - ćwiczenia 9

Bioinformatyka CWICZENIE 9  1.  Przypomnienie zasad analizy asocjacyjnej (model, hipotezy, test).  2.  Omówienie programu SAS przeznaczonego do przeprowadzenia analizy asocjacyjnej.  3.  Samodzielne przygotowanie programu w SAS.  4.  Analiza wyników w oknie Output + w wygenerowanym przy pomocy komendy "file ..." pliku.    Wzór programu:    /* czytanie danych */  /* Wczytanie pliku */  data B;    infile "...." missover dsd delimiter=";" ;    input ID SIRE $ DAM $ WEIGHT $ L1A1 L1A2 ... ;    * kodowanie genotypów SNP ;    if L1A1=1 and L1A2=1 then L1=-1 ;    else if L1A1=2 and L1A2=2 then L1=1 ;    else L1=0 ;  [kontynuować dla wszystkich markerów]  run ;     /* dopasowanie modeli */  proc mixed data=ALL method=ML ic noclprint ;    title 'locus 1' ;    model Y = L1 ;    ods output InfoCrit=L ;  run;  data _null_ ;    set L ;    file '...' mod ;    LIK=-0.5*Neg2LogLike ;    put @1 "1"        @4 LIK 10.4         @16 AIC ;  run ;    proc mixed data=ALL method=ML ic noclprint ;    title 'locus 2' ;    model Y = L2 ;    ods output InfoCrit=L ;  run;  data _null_ ;    set L ;    file '...' mod ;    LIK=-0.5*Neg2LogLike ;    put @1 "2"        @4 LIK 10.4         @16 AIC  ;  run ;  ... zobacz całą notatkę