To tylko jedna z 6 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
Ćwiczenie III Analiza danych z RFLP Przygotowanie pliku wsadowego bazującego na profilach trawiennych RFLP - przetwarzamy prążki na żelu powstałe w wyniku trawienia enzymami restrykcyjnymi w informację 0/1 - z profili trawiennych stworzonych dla poszczególnych enzymów tworzymy haplotypy - haplotypy możemy wykorzystad np. do stworzenia pliku wsadowego do programu Arlequin Przygotowanie pliku z informacjami o profilach MboI 20 33 4 A 000000100000000011000000100000010 B 000000100001000010000000000000010 C 000100100000000000000000100000010 D 000000100000000010100000100000011 E 000000100000000011000000000100110 F 000000100000000010001000101000010 G 000000000100010010000000000001010 H 010000100000000000000000000000010 I 000100100000000000000000000100110 J 000000110000000000000000110000010 K 000000000100000000010111000001010 L 000000000110000010000000000001000 M 000000000100010000000101000001010 N 000001000100000010000000000000000 P 000000000100010000010000000011010 Q 010000000000000100000000100100000 R 010010000000000000000000000000000 S 001000100000000000000000000100100 T 000000001000101000000000000000100 U 100000000000000010000000001000000 MseI 14 24 4 A 010010000000010101000111 B 010001000000010101001111 C 010000100000110101000111 D 010010000000010111000000 E 010010000100000001000111 F 010010000010010000000111 G 010010000010010010000000 H 010001000001010100001000 I 000011000000010101101111 J 100000000000010101001111 K 001100000000010101000111 L 010000010010100011001000 M 010010000000010001011011 N 010000001000011101001111 HhaI 3 4 4 A 1100 B 1011 C 0000 MseI 3 10 4 A 0111101110 B 1010101110 C 0110111111 Tworzenie pliku z haplotypami 17 5 S # 1 BCBAB 2 BCBBA 3 BIBBA 4 CCBBA 5 CCBBC 6 CCNBA 7 CHBBA 8 CHBBC 9 CRBBA 10 CSBBA 11 FBAAB 12 IBAAB 13 ITBAB 14 TCBBA 15 UBAAA 16 UBMAA 17 VBMAA Za pomocą programu Generate z pakietu REAP generujemy macierz danych zawierającą informacje o poszczególnych profilach trawiennych tworzących haplotyp 20 76 1 0000101000000101100001000000010010000001000111000001010100111010110111101110 2 0000101000000101100001000000010010000001000110100001010101111011001010101110 3 0000101000000101100001000000010010000001000110100001010101111010110111101110 4 0000101000000101100001000000010010000001000110100001010101111010111010101110 5 0000101000000101100001000001000010000000000110100001010101111010110111101110
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)