Podstawy bioinformatyki - ćwiczenia 3

Nasza ocena:

5
Pobrań: 7
Wyświetleń: 742
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Podstawy bioinformatyki - ćwiczenia 3 - strona 1 Podstawy bioinformatyki - ćwiczenia 3 - strona 2 Podstawy bioinformatyki - ćwiczenia 3 - strona 3

Fragment notatki:


Ćwiczenie III Analiza danych z RFLP Przygotowanie pliku wsadowego bazującego na  profilach trawiennych RFLP - przetwarzamy prążki na żelu powstałe w wyniku  trawienia enzymami restrykcyjnymi w informację 0/1  - z profili trawiennych stworzonych dla poszczególnych  enzymów tworzymy haplotypy - haplotypy możemy wykorzystad np.  do stworzenia  pliku wsadowego do programu Arlequin Przygotowanie pliku z informacjami o profilach MboI     20 33 4 A  000000100000000011000000100000010 B  000000100001000010000000000000010 C  000100100000000000000000100000010 D  000000100000000010100000100000011 E  000000100000000011000000000100110 F  000000100000000010001000101000010 G  000000000100010010000000000001010 H  010000100000000000000000000000010 I  000100100000000000000000000100110 J  000000110000000000000000110000010 K  000000000100000000010111000001010 L  000000000110000010000000000001000 M  000000000100010000000101000001010 N  000001000100000010000000000000000 P  000000000100010000010000000011010 Q  010000000000000100000000100100000 R  010010000000000000000000000000000 S  001000100000000000000000000100100 T  000000001000101000000000000000100 U  100000000000000010000000001000000 MseI     14 24  4 A  010010000000010101000111 B  010001000000010101001111 C  010000100000110101000111 D  010010000000010111000000 E  010010000100000001000111 F  010010000010010000000111 G  010010000010010010000000 H  010001000001010100001000 I  000011000000010101101111 J  100000000000010101001111 K  001100000000010101000111 L  010000010010100011001000 M  010010000000010001011011 N  010000001000011101001111 HhaI     3 4  4 A  1100 B  1011 C  0000 MseI     3 10  4 A  0111101110 B  1010101110 C  0110111111 Tworzenie pliku z haplotypami 17 5 S # 1         BCBAB 2         BCBBA 3         BIBBA 4         CCBBA 5         CCBBC 6         CCNBA 7         CHBBA 8         CHBBC 9         CRBBA 10        CSBBA 11        FBAAB 12        IBAAB 13        ITBAB 14        TCBBA 15        UBAAA 16        UBMAA 17        VBMAA Za pomocą programu Generate z pakietu REAP generujemy macierz  danych zawierającą informacje o poszczególnych profilach trawiennych  tworzących haplotyp 20 76 1          0000101000000101100001000000010010000001000111000001010100111010110111101110  2          0000101000000101100001000000010010000001000110100001010101111011001010101110  3          0000101000000101100001000000010010000001000110100001010101111010110111101110  4          0000101000000101100001000000010010000001000110100001010101111010111010101110  5          0000101000000101100001000001000010000000000110100001010101111010110111101110  ... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz