Podstawy bioinformatyki - Wprowadzenie

Nasza ocena:

5
Pobrań: 49
Wyświetleń: 1218
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Podstawy bioinformatyki - Wprowadzenie - strona 1

Fragment notatki:


Bioinformatyka  Dw01  Analiza Filogenetyczna 1    Wstęp teoretyczny. Przedstawienie najważniejszych informacji związanych z filogenetyką  molekularną.       Sequence alignment  1.  Dyskusja. Jakie informacje przechowują sekwencje kwasów nukleinowych? Do czego można  je wykorzystad?   2.  Proszę pobrad z publicznych baz danych sekwencję DNA  cytochromu b  dla:  Sus scrofa ,  Bos  taurus ,  Pan troglodytes ,  Homo sapiens ,  Mus musculus ,  Rattus norvegicus ,  Rattus rattus, Mus  domesticus, Canis lupus familiaris,  Felis silvestris catus, Bos indicus, Bos grunniens, Bos  javanicus, Drosophila mauritiana, Drosophila melanogaster, Ovis aries   3.  Czy wszystkie sekwencje zostały odnalezione w publicznych bazach danych?  4.  Proszę zapisad każdy plik z sekwencją FASTA w podanym formacie: x-y-z.fasta – gdzie:  a.  x – nazwa rodzajowa organizmu  b.  y – nazwa gatunkowa  c.  z – skrót genu (w naszym przypadku  cytb )  5.  W  każdym  pliku FASTA proszę zmienid nagłówek pliku tak, aby znajdowała się w nim nazwa  rodzajowa i gatunkowa organizmu (patrz dw. Podstawy Bioinformatyki).  6.  Proszę wczytad do programu Clustal pobrane sekwencje (patrz dw. Podstawy Bioinformatyki)  7.  Proszę przyrównad wszystkie sekwencje (patrz dw. Podstawy Bioinformatyki)  8.  Proszę zinterpretowad wynik  9.  Dyskusja. Dlaczego przyrównujemy sekwencje? Co mozna zrobic z wynikiem przyrównania?  10. Pytania i dalsza dyskusja      Wymagane wiadomości:  1.  Przypomnienie wiadomości z przedmiotów „Podstawy Bioinformatyki”, „Genetyka” oraz  „Ewolucjonizm” dotyczących filogenetyki molekularnej, sekwencji DNA, analizy sekwencji,  różnic pomiędzy organizmami, sekwencjami, itp.  2.  Zapoznanie się z działem genetyki: „Filogenetyka Molekularna” (np. Podręcznik T.A. Brown’a  „Genomy”  3.   Ogólna znajomośd anatomii genomów (np.: egzon, intron, promotor, sekwencje  powtarzające się, itp)  ... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz