Bioinformatyka Dw01 Analiza Filogenetyczna 1 Wstęp teoretyczny. Przedstawienie najważniejszych informacji związanych z filogenetyką molekularną. Sequence alignment 1. Dyskusja. Jakie informacje przechowują sekwencje kwasów nukleinowych? Do czego można je wykorzystad? 2. Proszę pobrad z publicznych baz danych sekwencję DNA cytochromu b dla: Sus scrofa , Bos taurus , Pan troglodytes , Homo sapiens , Mus musculus , Rattus norvegicus , Rattus rattus, Mus domesticus, Canis lupus familiaris, Felis silvestris catus, Bos indicus, Bos grunniens, Bos javanicus, Drosophila mauritiana, Drosophila melanogaster, Ovis aries 3. Czy wszystkie sekwencje zostały odnalezione w publicznych bazach danych? 4. Proszę zapisad każdy plik z sekwencją FASTA w podanym formacie: x-y-z.fasta – gdzie: a. x – nazwa rodzajowa organizmu b. y – nazwa gatunkowa c. z – skrót genu (w naszym przypadku cytb ) 5. W każdym pliku FASTA proszę zmienid nagłówek pliku tak, aby znajdowała się w nim nazwa rodzajowa i gatunkowa organizmu (patrz dw. Podstawy Bioinformatyki). 6. Proszę wczytad do programu Clustal pobrane sekwencje (patrz dw. Podstawy Bioinformatyki) 7. Proszę przyrównad wszystkie sekwencje (patrz dw. Podstawy Bioinformatyki) 8. Proszę zinterpretowad wynik 9. Dyskusja. Dlaczego przyrównujemy sekwencje? Co mozna zrobic z wynikiem przyrównania? 10. Pytania i dalsza dyskusja Wymagane wiadomości: 1. Przypomnienie wiadomości z przedmiotów „Podstawy Bioinformatyki”, „Genetyka” oraz „Ewolucjonizm” dotyczących filogenetyki molekularnej, sekwencji DNA, analizy sekwencji, różnic pomiędzy organizmami, sekwencjami, itp. 2. Zapoznanie się z działem genetyki: „Filogenetyka Molekularna” (np. Podręcznik T.A. Brown’a „Genomy” 3. Ogólna znajomośd anatomii genomów (np.: egzon, intron, promotor, sekwencje powtarzające się, itp)
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)