Sprawozdanie z ćwiczeń z projektu z Bazy danych

Nasza ocena:

5
Pobrań: 56
Wyświetleń: 1141
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Sprawozdanie z ćwiczeń z projektu z Bazy danych - strona 1 Sprawozdanie z ćwiczeń z projektu z Bazy danych - strona 2 Sprawozdanie z ćwiczeń z projektu z Bazy danych - strona 3

Fragment notatki:


1    Sprawozdanie z projektu z przedmiotu Bazy Danych          1c  Polecenie: .   Korzystając z programu BDanych.py wykonaj obliczenia. (c) Przy zadanej macierzy punktacji  porównaj ocenę dopasowania dwóch sekwencji zmieniając funkcje kary.    Cel:    Porównanie oceny dopasowania dwóch sekwencji przy zmianie funkcji kary. Jaki wpływ na ocenę  dopasowania ma funkcja kary.  a)   Wczytujemy plik z danymi o sekwencjach w jednym z trzech formatów: FASTA, GenBank  lub Sample (w tym wypadku w formacie FASTA) Wybieramy w menu:  Dane  FASTA , a  następnie eksploratorze wybieramy plik z danymi, który chcemy wczytać do naszego  programu. Plik musi posiadać rozszerzenie .fasta      2        b)   Kolejnym krokiem jest wczytanie macierzy punktacji (w tym wypadku wczytujemy  PAM250). Wybieramy w menu:  Punktacja  Punktacja , a następnie eksploratorze  wybieramy plik z macierzą punktacji, który chcemy wczytać do naszego programu. Plik  musi posiadać rozszerzenie .txt            Jak możemy zauważyć  po prawidłowym wczytaniu macierzy punktacji pojawia się ona wraz z  następującym komentarzem: „Wczytano macierzy punktacji”.          3    c)   Po wczytaniu sekwencji (w tym przypadku format FASTA) oraz macierzy punktacji (w tym  przypadku PAM250)  z listy sekwencji wybieramy 2 sekwencje, których ocenę  dopasowania chcemy porównać zmieniając przy tym funkcję kary. Funkcję kary  zmieniamy za pomocą pola tekstowego: „Podaj karę”, w którym wpisujemy wartość  zadawanej funkcji kary.      d)   Będziemy porównywać ocenę dopasowania dwóch wybranych sekwencji z następującymi  wartościami funkcji kary:  3 ,  6  i  9 .      e)   Po wpisaniu wartości funkcji kary obliczami ocenę dopasowania za pomocą   algorytmu  Needlemana - Wunscha.   W tym celu klikamy w menu:  Obliczenia  Needleman-Wunsch .              4    Oto nasze wyniki:  Funkcja kary =  3   Ocena dopasowania = 2044      Funkcja kary =  6  Ocena dopasowania = 1587      5    Funkcja kary =  9  Ocena dopasowania = 1356             Tabela wyników:      Wartość funkcji kary  Ocena dopasowania  I  3  2044  II  6  1587  III  9  1356    Wniosek:  Poniższe wyniki dowodzą tego, że wartość funkcji kary ma wpływ na ocenę dopasowania dwóch  sekwencji. Im większa wartość funkcji kary tym mniejsza wartość oceny dopasowania.        6    2c    Polecenie:  W programie BDanych.py w opcji Dane zakoduj podprogram, (c) który z pliku zapisanego w 

(…)

…. Im większa wartość funkcji kary tym mniejsza wartość oceny dopasowania.
5
2c
Polecenie:
W programie BDanych.py w opcji Dane zakoduj podprogram, (c) który z pliku zapisanego w
standardzie FASTA wybiera sekwencje nukleinowe nie zawierające niezidentyfikowane
nukleotydy i tworzy nowy plik danych. (Np. zbadaj plik drosoph n.fasta.)
Cel:
Napisanie podprogramu, który z pliku zapisanego w standardzie FASTA wybiera…
... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz