To tylko jedna z 14 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
1 Sprawozdanie z projektu z przedmiotu Bazy Danych 1c Polecenie: . Korzystając z programu BDanych.py wykonaj obliczenia. (c) Przy zadanej macierzy punktacji porównaj ocenę dopasowania dwóch sekwencji zmieniając funkcje kary. Cel: Porównanie oceny dopasowania dwóch sekwencji przy zmianie funkcji kary. Jaki wpływ na ocenę dopasowania ma funkcja kary. a) Wczytujemy plik z danymi o sekwencjach w jednym z trzech formatów: FASTA, GenBank lub Sample (w tym wypadku w formacie FASTA) Wybieramy w menu: Dane FASTA , a następnie eksploratorze wybieramy plik z danymi, który chcemy wczytać do naszego programu. Plik musi posiadać rozszerzenie .fasta 2 b) Kolejnym krokiem jest wczytanie macierzy punktacji (w tym wypadku wczytujemy PAM250). Wybieramy w menu: Punktacja Punktacja , a następnie eksploratorze wybieramy plik z macierzą punktacji, który chcemy wczytać do naszego programu. Plik musi posiadać rozszerzenie .txt Jak możemy zauważyć po prawidłowym wczytaniu macierzy punktacji pojawia się ona wraz z następującym komentarzem: „Wczytano macierzy punktacji”. 3 c) Po wczytaniu sekwencji (w tym przypadku format FASTA) oraz macierzy punktacji (w tym przypadku PAM250) z listy sekwencji wybieramy 2 sekwencje, których ocenę dopasowania chcemy porównać zmieniając przy tym funkcję kary. Funkcję kary zmieniamy za pomocą pola tekstowego: „Podaj karę”, w którym wpisujemy wartość zadawanej funkcji kary. d) Będziemy porównywać ocenę dopasowania dwóch wybranych sekwencji z następującymi wartościami funkcji kary: 3 , 6 i 9 . e) Po wpisaniu wartości funkcji kary obliczami ocenę dopasowania za pomocą algorytmu Needlemana - Wunscha. W tym celu klikamy w menu: Obliczenia Needleman-Wunsch . 4 Oto nasze wyniki: Funkcja kary = 3 Ocena dopasowania = 2044 Funkcja kary = 6 Ocena dopasowania = 1587 5 Funkcja kary = 9 Ocena dopasowania = 1356 Tabela wyników: Wartość funkcji kary Ocena dopasowania I 3 2044 II 6 1587 III 9 1356 Wniosek: Poniższe wyniki dowodzą tego, że wartość funkcji kary ma wpływ na ocenę dopasowania dwóch sekwencji. Im większa wartość funkcji kary tym mniejsza wartość oceny dopasowania. 6 2c Polecenie: W programie BDanych.py w opcji Dane zakoduj podprogram, (c) który z pliku zapisanego w
(…)
…. Im większa wartość funkcji kary tym mniejsza wartość oceny dopasowania.
5
2c
Polecenie:
W programie BDanych.py w opcji Dane zakoduj podprogram, (c) który z pliku zapisanego w
standardzie FASTA wybiera sekwencje nukleinowe nie zawierające niezidentyfikowane
nukleotydy i tworzy nowy plik danych. (Np. zbadaj plik drosoph n.fasta.)
Cel:
Napisanie podprogramu, który z pliku zapisanego w standardzie FASTA wybiera…
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)