Bazy danych NCBI

Nasza ocena:

5
Pobrań: 35
Wyświetleń: 1092
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Bazy danych NCBI - strona 1 Bazy danych NCBI - strona 2 Bazy danych NCBI - strona 3

Fragment notatki:


Podstawy_bioinformatyki Dwiczenie I Bazy danych - Genbank Celem ćwiczenia będzie zapoznanie się z  zasobami oraz podstawowymi narzędziami  bazy danych NCBI (National Center for  Biotechnology Information) Podstawowe informacje na temat bazy NCBI  można zdobyć zapoznając się z dostępnymi  tutorialami: NCBI_tutorials Wyszukiwanie i pozyskiwanie sekwencji z Genbanku. Wejdź na stronę główną NCBI i przeszukaj wszystkie bazy danych pod kątem sekwencji  dehydrogenazy NADH 2 – ND2 Jako wynik wyświetlone zostało zestawienie poszukiwanej  sekwencji w poszczególnych bazach danych. Na podstawie  powyższych wyników możemy odpowiedzied na pewne  podstawowe pytania dotyczące genu ND2: - jak wiele artykułów traktujących o ND2 zostało znalezionych  ? -jak wiele sekwencji ND2 można znaleźd dla ssaków, ptaków a  jak wiele dla np. nietoperzy ? Przejdźmy do bazy nucleotide. Można tu znaleźd więcej  informacji o samym genie ND2 - jak wiele sekwencji ND2 człowieka znajduje się w bazie a jak  wiele dla wilka/psa ?  Z tego miejsca łatwo możemy przejśd do bazy danych Gene.  Wyszukamy w tej bazie danych sekwencje ND2 dla gatunku  Lepus europaeus.  - jaka jest przynależnośd taksonomiczna L. europaeus ? W sekcji „mRNA and Protein(s)” na stronie sekwencji ND2 wybierz dostępną tam  sekwencję białkową - NP_659326.1. Wybierz wyświetlanie sekwencji w formacie  FASTA. Uruchom Blasta – i włącz wyszukiwanie białkowych sekwencji homologicznych. - jak wiele rekordów dotyczących psa domowego a jak wiele wilka zostało zwróconych ?  - jak wiele wyników zostało znalezionych u nietoperzy ? Wybierz 20 pierwszych sekwencji  homologicznych – należy je zaznaczyd i kliknąd  „get selected sequences” – zmieniamy sposób  wyświetlania sekwencji na Fasta i zapisujemy  jako plik tekstowy poprzez komendę – send to -  text. Zaznacz otrzymane sekwencję, skopiuj je  i wklej do przygotowanego wcześniej pliku.  Można będzie ich użyd do przyrównania oraz  stworzenia drzewa. ... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz