Alignment

Nasza ocena:

5
Pobrań: 70
Wyświetleń: 1162
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Alignment - strona 1 Alignment - strona 2 Alignment - strona 3

Fragment notatki:


Przyrównywanie sekwencji Przyrównywanie sekwencji Mając dwie lub więcej sekwencji chcemy: • określid ich podobieostwo • zbadad powiązania pomiędzy poszczególnymi  miejscami w sekwencjach • zaobserwowad wzory podobieostw • wykryd związki ewolucyjne między sekwencjami Przyrównywanie sekwencji Rodzaje sekwencji DNA/RNA Nid złożona z 4 liter nukleotydów Sekwencje białka Złożone z alfabetu 20 liter Przyrównywanie sekwencji Aby porównad nukleotydy lub aminokwasy  znajdujące się w odpowiadających sobie  miejscach w sekwencjach, najpierw musimy te  odpowiadające sobie miejsca znaleźd Przyrównywanie sekwencji jest właśnie  identyfikacją podobieostw pomiędzy  poszczególnymi miejscami w sekwencjach Przyrównywanie sekwencji Dot Plots Jedna z najprostszych  metod określających  podobieostwo sekwencji Punkty (dots) są  umieszczane w  przestrzeni macierzy  dwóch sekwencji w  miejscach gdzie obie  sekwencje są identyczne Przyrównywanie sekwencji Programowanie dynamiczne (tutoriale) http://www.ibm.com/developerworks/java/l ibrary/j-seqalign/index.html http://www.avatar.se/molbioinfo2001/dynpr og/dynamic.html Metody heurystyczne (Blast/Fasta) Przyrównywanie sekwencji Proszę wykonad dotplot dwóch wybranych  sekwencji z pliku wsadowego przygotowanegoo na ostatnich dwiczeniach. W jakim stopniu sekwencje są do siebie  podobne ? Jak objawia się to podobieostwo ? Jakie zmiany można zauważyd przy użyciu  macierzy punktów ? Przyrównywanie sekwencji Proszę przyrównad wszystkie sekwencje w  przygotowanych plikach wsadowych przy użyciu metody  Muscle w programie Seaview. Jak wygląda uzyskany aligment ? Czy można znaleźd w nim fragmenty o większym i  mniejszym podobieostwie sekwencji ? Ile jest miejsc zmiennych w sekwencji ? Czy w przyrównanych sekwencjach są obecne indele ? Przyrównywanie sekwencji Proszę znaleźd w  bazie danych NCBI i  utworzyd plik wsadowy z dwóch rodzajów  sekwencji. Podjednostkę I oksydazy cytochromowej  oraz gen RAG1 dla pięciu przedstawicieli  każdej z gromad zwierząt. Czyli szukamy sekwencji RAG1 oraz COXI dla  5 ssaków, ptaków, ryb, gadów i płazów. Przyrównywanie sekwencji Czym różnią się przyrównania obu rodzajów sekwencji  ? Które jest bardziej informatywne ? Które jest bardziej wiarygodne ? Proszę na podstawie obu przyrównao stworzyd drzewa  filogenetyczne metodą parsymonii. Czy uzyskane drzewa odzwierciedlają rzeczywiste  powiązania filogenetyczne zwierząt ? Które drzewo jest „lepsze” i dlaczego ? ... zobacz całą notatkę



Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz