To tylko jedna z 10 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
Przyrównywanie sekwencji Przyrównywanie sekwencji Mając dwie lub więcej sekwencji chcemy: • określid ich podobieostwo • zbadad powiązania pomiędzy poszczególnymi miejscami w sekwencjach • zaobserwowad wzory podobieostw • wykryd związki ewolucyjne między sekwencjami Przyrównywanie sekwencji Rodzaje sekwencji DNA/RNA Nid złożona z 4 liter nukleotydów Sekwencje białka Złożone z alfabetu 20 liter Przyrównywanie sekwencji Aby porównad nukleotydy lub aminokwasy znajdujące się w odpowiadających sobie miejscach w sekwencjach, najpierw musimy te odpowiadające sobie miejsca znaleźd Przyrównywanie sekwencji jest właśnie identyfikacją podobieostw pomiędzy poszczególnymi miejscami w sekwencjach Przyrównywanie sekwencji Dot Plots Jedna z najprostszych metod określających podobieostwo sekwencji Punkty (dots) są umieszczane w przestrzeni macierzy dwóch sekwencji w miejscach gdzie obie sekwencje są identyczne Przyrównywanie sekwencji Programowanie dynamiczne (tutoriale) http://www.ibm.com/developerworks/java/l ibrary/j-seqalign/index.html http://www.avatar.se/molbioinfo2001/dynpr og/dynamic.html Metody heurystyczne (Blast/Fasta) Przyrównywanie sekwencji Proszę wykonad dotplot dwóch wybranych sekwencji z pliku wsadowego przygotowanegoo na ostatnich dwiczeniach. W jakim stopniu sekwencje są do siebie podobne ? Jak objawia się to podobieostwo ? Jakie zmiany można zauważyd przy użyciu macierzy punktów ? Przyrównywanie sekwencji Proszę przyrównad wszystkie sekwencje w przygotowanych plikach wsadowych przy użyciu metody Muscle w programie Seaview. Jak wygląda uzyskany aligment ? Czy można znaleźd w nim fragmenty o większym i mniejszym podobieostwie sekwencji ? Ile jest miejsc zmiennych w sekwencji ? Czy w przyrównanych sekwencjach są obecne indele ? Przyrównywanie sekwencji Proszę znaleźd w bazie danych NCBI i utworzyd plik wsadowy z dwóch rodzajów sekwencji. Podjednostkę I oksydazy cytochromowej oraz gen RAG1 dla pięciu przedstawicieli każdej z gromad zwierząt. Czyli szukamy sekwencji RAG1 oraz COXI dla 5 ssaków, ptaków, ryb, gadów i płazów. Przyrównywanie sekwencji Czym różnią się przyrównania obu rodzajów sekwencji ? Które jest bardziej informatywne ? Które jest bardziej wiarygodne ? Proszę na podstawie obu przyrównao stworzyd drzewa filogenetyczne metodą parsymonii. Czy uzyskane drzewa odzwierciedlają rzeczywiste powiązania filogenetyczne zwierząt ? Które drzewo jest „lepsze” i dlaczego ?
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)