Podstawy bioinformatyki - ćwiczenia 2

Nasza ocena:

5
Pobrań: 49
Wyświetleń: 966
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Podstawy bioinformatyki - ćwiczenia 2 - strona 1 Podstawy bioinformatyki - ćwiczenia 2 - strona 2 Podstawy bioinformatyki - ćwiczenia 2 - strona 3

Fragment notatki:


Linux podobnie jak MacOS X są systemami opartymi na Unixie. Wiele programów  linuxowych działa z poziomu terminala – dlatego aby móc ich używać należy poznać  podstawowe komendy systemu Unix.   Nauczycie się m. in. jak tworzyć, kopiować, przenosić i kasować pliki oraz katalogi.  Jest to oczywiście jedynie pogląd na podstawowe komendy system Linux, dla osób  nie obeznanych z systemem.    lista katalogów i plików   Aby zobaczyć zawartość danego katalogu należy wpisać komendę:  ls  Aby zobaczyć zawartość katalogu wraz z detalami, posortowaną wg daty utworzenia  należy wpisać:  ls -lrt    lokalizacja plików i katalogów   Przy pracy z plikiem lub katalogiem konieczne jest podanie programowi ścieżki  dostepu do niego. Można to zrobić na dwa sposoby: względny i bezwzględny.   Ścieżka bezwzględna zawiera cała adres danego pliku, np.:  /home/user/Desktop/file.txt  Ścieżka względna opisana jest przy użyciu znaków “.” oraz „/” :  ./=katalog docelowy  ../=katalog powyżej katalogu./ (jeden katalog do góry)  /=katalog root  gdy nie podamy przy ko mendzie lokalizacji pliku, wtedy domyślnie system lokalizuje  ten plik w katalogu ./  Aby określić w jakim katalogu aktualnie się znajdujemy można wpisać komendę Print  Working Directory:  pwd  powinniśmy wtedy uzyskać ścieżkę do katalogu, w którym aktualnie się znajdujemy,  np.:  /home/directory1/    tworzenie katalogów    Aby utworzyć nowy katalog wpisz:  mkdir katalog1  Ta komenda utworzy katalog o nazwie katalog1.    zmiana katalogu   Aby przejść do katalogu o poziom niżej/głębiej wpisz:   cd katalog1  Aby przejść do katalogu o poziom wyżej/płycej wpisz:  cd ..  Proszę wrócić do katalogu1, stworzyć katalog o nazwie katalog2 i wejść do niego.  Aby wrócić bezpośrednio do katalogu domowego /home proszę wpisać komendę:  cd    podgląd plików   Jest wiele sposobów edytowania plików. Jednym z prostszych sposobów jest  skorzystanie z komendy less. Aby wy- edytować plik wpisz:    less nazwa_pliku    Gdzie “nazwa_pliku” jest to plik w obecnym katalogu. Ta komenda wyświetla tak  dużo z pliku źródłowego ile zmieści się na ekranie. Aby przewijać plik używamy  strzałek. Użycie spacji przewinie tekst o kolejną stronę.  Aby wyszukać w pliku określone słowo należy użyć komendy    /słowo  gdzie “słowo” oznacza ciąg znaków, który chcemy wyszukać.  Aby zakończyć edycję pliku należy użyć:  q    kopiowanie plików   Ab y skopiować plik z użyciem terminala, stosujemy komendę:    cp  Np:  cp plik1.txt plik2.txt 

(…)

… to zmienia plik stronka.html w plik index.html.
Pliki mogą być przenoszone z jednego katalogu do drugiego:
mv location/file1 location/file2
Np.:
mv /home/user/zdjecia /home/fotki
Powyższym poleceniem przenosimy plik zdjecia do katalogu home pod nazwą fotki.
usuwanie plików
Do usuwania plików używamy polecenia rm.
rm nazwapliku
Np., aby usunąć plik o nazwie sekwencje.nex należy wpisać komendę:
rm…
…, iż do wywołania
komendy należy wcisnąć h przy wciśniętym przycisku control, następnie puścić oba i
wcisnąć t.
Aby uruchomić tutorial EMACS wciśnij:
Ctrl-h t
Uruchamianie pomocy:
Ctrl-h
Wyjście z edytora:
Ctrl-x Ctrl-c
Ważna i przydatna komenda - cofnij ostatnią zmianę:
Ctrl-x u
Tworzenie i edycja plików
Aby otwprzyć plik w edytorze EMACS należy użyć komendy:\
emacs plik
(plik może być intniejącym lub nowym…
... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz