To tylko jedna z 2 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
Inicjacja tranksrypcji zależy od białek.
Polimeraza prokariotyczna: silne oddziaływanie z promotorem - podstawowy poziom transkrypcji jest bardzo wysoki.
Polimeraza eukariotyczna - składanie polimerazy II i III nie jest na wysokim poziomie (jest słabsze i niewydajne). Procesy regulacyjne są o wiele bardziej złożone i mniej poznane. Różnorodność modułów nie jest dużą. W wielu promotorach moduły są podobne, różnią się kombinacją. Moduły najczęściej pojawiające się w promotorach polimerazy II.
Typ modułu
Przykład Moduły promotora podstawowego rdzeniowego
Kaseta TATA, sekwencja Inr
Moduły konstytutywne
Kaseta CAAT (NF-1, NF-Y)
Kaseta GC (SP-1)
Moduł OCT (Oct-1)
Moduły odpowiedzi (regulują inicjację transkrypcji)
CRE, element odpowiadające na CAMP (odpowiada za sygnalizację między komórkami)
Moduły ODPOWIEDZI NA SZOK CIEPLNY
Moduły komórkowo-specyficzne (znajdują się w promotorach tych genów, które ulegają ekpresji tylko w jednych rodzajach tkanek
Moduł erytoidalny (GATA-1)
Moduł występujący w przysadce (Pit-1)
Moduł w mioblastach (MyoD)
Moduły wiążące regulatory rozwoju (pośredniczą ekspresją genów, które są aktywne na pewnych etapach rozwoju)
Biocoid module
Antenhopedie module
Czynniki wpływają na podstawowy poziom transkrypcji. Nie odpowiadają na żadne sygnały, które są specyficzne rozwojowo i tkankowo.
Moduły w promotorze insuliny występują niedaleko genu.
Moduł = element/sekwencja regulatorowa
Tworzą się czasem grupy elementów regulatorowych zwane wzmacniaczami - 200-300pz połączonych sekwencji regulatorowych.
Proste sekwencje są w niedalekiej odległości od genu. Ich położenie i rola jest dość dobrze określona.
Wzmacniacze mogą leżeć parę tysięcy pz od genu. Mogą leżeć powyżej lub poniżej sekwencji genu. Znaleziono wzmacniacze, które znajdowały się w sekwencjach intronowych. Zmiana właściwości wzmacniacza nie wpływa na poziom transkrypcji.
Wyciszacze - hamują transkrypcję.
Promotory alternatywne u eukariota - mogą powstawać różne transkrypty.
Każdy z promotorów jest efektywny w innych tkankach. Każdy ma swoją strukturę. Są regulowane przez ten sam wzmacniacz i wyciszacz. Są aktywne na różnych etapach rozwoju. Inna nazwa to wielokrotne. Białka wiążące sekwencje modulatorowe - aktywatory - aktywują transkrypcję (łączą się specyficznie z DNA)
Koaktywator - wpływa na poziom transkrypcji, nie wiążą się specyficznie z DNA. Wiązany w obszarze promotorowym białko-białko.
(…)
…, gdzie RNA opuszcza kompleks. Pojawienie się spinki do włosów przesuwa klapkę, a wraz z tym zmienia konformację w centrum aktywnym, przez co centrum nie jest zdolne do dalszej przemiany.
Białko Rho
Sygnał germinacji zależy od białka Rho. Skutkuje to powstawaniem spinki do włosów w transkrypcie. Jest mniej stabilna, ale nie ma ciągu U na transkrypcie. Rho przesuwa się wzdłuż RNA (jest helikazą). Polimeraz…
… mediatora. Mediator przekazuje sygnały płynące z aktywatorów i rep resorów (wiąże się ze specyficznymi sekwencjami DNA, hamuje transkrypcję)
Synteza i procesowanie RNA
Procesowanie RNA może miejsce u procaryota.
Synteza RNA - reakcja, w której kolejne nukleotydy są dołączane do łańcucha, katalizowana przez prymaty. Odłączany jest PPi. Hydroliza PPi przez pirofosfatazę napędza syntezę. Nie jest wymagany starter - synteza de novo.
Elongacja - enzym syntezujący DNA ma tylko 4 podjednostki: α, α', β, β'. Podjednostka opuszcza kompleks po zsyntezowaniu kilku pierwszych nukleotydów (30pz), tworzy się bąbel transkrypcyjny, bo DNA ulega stopieniu. Transkrypt tworzy stabilny kompleks (8pz). Kompleks musi silnie oddziaływać z DNA, lecz nie za silnie, gdyż musi się poruszać. Polimeraza porusza się wzdłuż matrycy…
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)