Inicjacja transkrypcji

Nasza ocena:

3
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Inicjacja transkrypcji - strona 1

Fragment notatki:

BIAŁKA WIĄŻĄCE/INICJACJA TRANSKRYPCJI
Rozdział 11 Budowa kompleksu inicjującego transkrypcję.
Transkrypton jest początkowym produktem ekspresji genomu, jest to zbiór cząsteczek RNA pozostałych po transkrypcji tych genów kodujących białka, w których zawarta informacja genetyczna jest potrzebna komórce w danym momencie. Powstaje w czasie transkrypcji, w czasie której pojedyncze geny są kopiowane na cząsteczki RNA. Ogólnie transkrypcja to proces gdzie DNA robi RNA. jednak proces od genomu do transkryptonu jest bardziej złożony i dzieli się na dwa główne etapy.
Inicjacja transkrypcji - budowanie powyżej sekwencji kodującej kompleksu białkowego, złożonego z polimeraz RNA i dodatkowych białek. W wyniku aktywności tego kompleksu powstaje kopia genu - transkrypt RNA, Na tym etapie działają mechanizmy decydujące o tym czy gen ulega czy nie ulega transkrypcji.
Synteza i obróbka RNA rozpoczyna się gdy polimeraza RNA opuszcza rejon inicjacji i zaczyna syntezować RNA - kopię genu. Na końcu tego procesu jest zakończenie procesów obróbki i modyfikacji przekształcających pierwotny traskrypt w mRNA. 11.1 Białka wiążące DNA i ich miejsca wiązania.
Domeny wiążące DNA
Helisa-skrę-helisa (HTH) - jest zbudowana z dwóch helis α oddzielonych skrętem w łańcuchu białkowym, struktura skrętu ma specyficzna konformację - skręt β, składający się z czterech aminokwasów. Druga helisa α jest helisą rozpoznającą bo skręt β razem z pierwszą helisą umiejscawiają drugą na powierzchni białka tak żeby pasowała do wnętrza większej szczeliny w cząsteczce której kontakt z DNA decyduje o możliwości przeczytania informacji zawartej w DNA. Domena HTH składa się z 20 aminokwasów. Występuje w wielu prokariotycznych i eukariotycznych białkach wiążących DNA. U bakterii domenę tą zwiera represor laktozy regulujący ekspresje operonu laktozowego.
Istotne białka z domeną HTH to te które są ważne dla regulacji ekspresji genów, należą do nich białka z domeną homeotyczną (rozbudowana domena HTH - składa się z 60 aminokwasów tworzących 4 helisy α, między drugą i trzecią helisą znajduje się skręt β, trzecia helisa jest rozpoznawająca a pierwsza oddziałuje z mniejszym rowkiem).
Inne domeny typu HTH :
Domena POU przeważnie w białkach z domeną homeotyczną, domeny ze sobą współpracują wiążąc ze sobą fragmenty podwójnej helisy
Uskrzydlona Helisa-skręt-helisa - rozbudowana wersja HTH z jednej strony domeny HTH ma trzecią helisę α z jednej strony a z drugiej strony harmonijkę β.
Palec cynkowy - domena często występująca u eukariotów. Można wymienić sześć wersji tej domeny:
- składający się z około 12 aminokwasów w tym z dwóch cystein i dwóch histydyn te aminokwasy tworzą dwie struktury - harmonijkę β i następującą po niej helisę α te dwie struktury tworzą palec wystający ponad płaszczyznę białka. Między nimi znajduje się atom cynku związany z dwoma cysteinami i z dwoma histydynami. Helisa α jest tą częścią domeny która oddziałuje z większym rowkiem DNA co jest decydujące dla wiązania białka.

(…)

… go poprzedzające, natychmiast dostarcza informacji o miejscach wiązania przynajmniej kilku białek odpowiadających za ekspresje tego genu.
Metody identyfikacji miejsc wiążących białka w genomie :
Spowolnienie migracji w żelu - wykorzystuje różnice właściwości elektroforetycznych między fragmentem związanym a nie związanym z białkiem (fragmenty DNA są rozdzielone w czasie elektroforezy na żelu agarowym, ponieważ przez jego porowatą strukturę fragmenty mniejsze przechodzą szybciej niż duże). Jeżeli fragmenty DNA zwiąże się z białkiem to jego ruchliwość w żelu zostanie spowolniona. Dlatego fragment DNA - białko pozostawia prążek punktu startu elektroforezy. Metoda ta nie jest bardzo dokładna.
Testy ochrony przed modyfikacją - znacznie bardziej dokładna niż poprzednia. Opiera się na zasadzie : jeśli cząsteczka DNA jest związana z białkiem, to wówczas część sekwencji nukleotydowej będzie chroniona przed modyfikacjami :
Działanie nukleazą, które rozszczepią wszystkie wiązania fosfodiestrowe z wyjątkiem tych, które są chronione przez białko.
Poddanie działaniu czynnika metylującego, takiego jak siarczan dimetylu, który przyłącza grupy metylowe do guaniny (G). Żadna guanina chroniona przez związane białko…
….
Wiele białek łączących się z DNA jest dimerami składającymi się z dwóch połączonych ze sobą cząsteczek białka.
PODSUMOWANIE
Białka wiążące DNA przyłączane są do genomu. Wiele z nich przyłącza się do specyficznych sekwencji DNA dzięki domenom wiążącym DNA, takim jak helisa-skręt-helisa (HTH) czy palec cynkowy.
Miejsce wiązania białka w DNA można zlokalizować stosując analizę spowolnieni migracji w żelu…
... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz