Informatyka w selekcji - ćwiczenie 1

Informatyka w selekcji  Ćwiczenie nr 1  1.  Do  pakietu  R  wczytać  plik  zamieszczony  na  stronie   http://theta.edu.pl   o  nazwie  dane.csv.  W  kolejnych  kolumnach  znajdują  się:  numer  krowy,  numer  ojca,  numer  matki,  wydajność  mleczna,  rok  urodzenia,  stado  oraz  dwa  allele  pewnego  markera  genetycznego wpływającego na mleczność krów. Uwaga! Jeśli któryś z numerów jest  równy ‘99999’ oznacza to, że dane te są brakujące.  2.  Ile mamy różnych osobników w pliku z danymi?   3.  Potomkami ilu buhajów są zamieszczone tam krowy?  4.  W którym stadzie jest najwięcej krów?  5.  Sporządzić wykres obrazujący podział krów na stada?  6.  Przedstawić  statystyki  opisane  dla  wydajności  mlecznej.  Za  statystyki  opisowe  będziemy  uważać  średnią,  odchylenie  standardowe  i  medianę  oraz  wartość  minimalną i maksymalną.  7.  Przekodować numery ‘99999’ na ‘0’.  8.  Krowy z którego stada dają średnio najwięcej mleka?   9.  Dla wydajności mlecznej sporządzić wykres typu ‘boxplot’ i zinterpretować go.  10. Ile alleli ma rozważany marker genetyczny?  11. Dla każdego osobnika i każdego markera wyznaczyć genotypy?   12. Dla każdego z genotypów zamienić wartości znakowe na liczbowe tzn. genotyp AA na  wartość -1, genotyp AB na wartość 0 oraz genotyp BB na wartość 1.  13. Wyznaczyć częstości występowania danego genotypu.  14. Zapisać nowo powstały plik na dysku.    ... zobacz całą notatkę