Projekt: Markery genetyczne w selekcji zwierząt

Nasza ocena:

5
Pobrań: 7
Wyświetleń: 707
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Projekt: Markery genetyczne w selekcji zwierząt - strona 1 Projekt: Markery genetyczne w selekcji zwierząt - strona 2 Projekt: Markery genetyczne w selekcji zwierząt - strona 3

Fragment notatki:


Dane nr……    MARKERY GENETYCZNE W SELEKCJI ZWIERZĄT  PROJEKT      Opis danych  Dane  składają  się  z  pięciu  plików:   genotypy ,   fenotypy ,   inne ,   fenotypy_test ,  genotypy_test .  Numer  danych  (podany  w  prawym  górnym  rogu)  informuje,  które  trzy  pliki  należy pobrać ze strony w celu przeprowadzenia analizy (np. dane nr 3 oznaczają, że należy  pobrać pliki  genotypy3.prn ,  fenotypy3.prn ,  inne3.prn ).  Plik  genotypy  zawiera numery osobników oraz ich genotypy. Dla każdego osobnika  mamy  dziesięć  markerów.  Kolumny  od  2  do  21 oznaczają  poszczególne allele,  np.  kolumna  M3_A1 oznacza, że jest to pierwszy allel markera nr 3.  Plik   fenotypy   zawiera  wartości  analizowanej  cechy  (do  wykorzystania  w  obydwu  zadaniach).  Plik   inne   zawiera  informacje  o  rodowodach  osobników,  ich  płci  oraz  stadzie,  do  którego należą.  Plik   genotypy_test   zawiera  dane  analogiczne  do  pliku   genotypy ,  ale  dla  mniejszej  liczby osobników. Podobnie, plik  fenotypy_test  zawiera dane analogiczne do pliku  fenotypy ,  ale dla mniejszej liczby osobników. Pliki te posłużą do zweryfikowania modelu z zadania 1.    Zadania do wykonania  1.    Zbudować model postaci    e Xg y n + + Ι = µ ,       gdzie   y   jest  wektorem  fenotypów  (czyli  zmierzonych  wartości  interesującej  nas  cechy),      In   jest  wektorem  jedynek,   µ   jest  wartością  średnią  cechy  w  badanej  populacji,   X   jest  macierzą  wystąpień  efektów  markerów  genetycznych,   g   jest  wektorem  efektów  markerów genetycznych,  e  jest wektorem składników losowych, o rozkładzie normalnym  o  średniej  zero  i  wariancji   σe 2 . W tym modelu, efekt markera jest traktowany jako efekt  stały.  Należy  zbudować  macierze  wystąpień   In   oraz   X .  Macierz   X   ma  tyle  wierszy,  ile  osobników badamy oraz tyle kolumn, ile efektów SNP. Kodujemy „11” jako 0, „12”, „21”  jako 1 oraz „22” jako 2. Oszacować średnią cechy w populacji oraz efekty poszczególnych  SNP.  Średnia  cechy  w  populacji  oraz  efekt  SNP  może  być  estymowany  w  następujący  sposób:         Ι       Ι + Ι Ι Ι Ι =       − y X y X X X X g n n n n n ' ' ' ' ' ' ˆ ˆ 1 λ µ        Przyjąć λ = 10.        Następnie: 

(…)

… hodowlane poszczególnych osobników. Wartości wariancji
genetycznej oraz wartości błędu wynoszą odpowiednio 35 oraz 15. Należy ustalić ilość
efektów stałych i losowych oraz ilość poziomów tych efektów, utworzyć macierze wystąpień,
utworzyć macierz spokrewnień, zbudować i rozwiązać równania modelu mieszanego.
Następnie:
a) wykonać wykresy otrzymanych estymatorów i predyktorów efektów stałych i
losowych,
b…
…) sprawdzić normalność reszt modelu,
i) zinterpretować wartości oraz wykres reszt modelu,
j) wybrać osobnika o najwyższej wartości hodowlanej, podać jego numer, płeć, numery
rodziców oraz numer stada,
k) która płeć ma wyższy wpływ na analizowaną cechę?
l) które stado ma najwyższy wpływ na analizowaną cechę?
m) jaką parę zwierząt należałoby wybrać na rodziców następnego pokolenia?
WYMAGANIA
Projekt należy…
... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz