To tylko jedna z 3 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
Dane nr…… MARKERY GENETYCZNE W SELEKCJI ZWIERZĄT PROJEKT Opis danych Dane składają się z pięciu plików: genotypy , fenotypy , inne , fenotypy_test , genotypy_test . Numer danych (podany w prawym górnym rogu) informuje, które trzy pliki należy pobrać ze strony w celu przeprowadzenia analizy (np. dane nr 3 oznaczają, że należy pobrać pliki genotypy3.prn , fenotypy3.prn , inne3.prn ). Plik genotypy zawiera numery osobników oraz ich genotypy. Dla każdego osobnika mamy dziesięć markerów. Kolumny od 2 do 21 oznaczają poszczególne allele, np. kolumna M3_A1 oznacza, że jest to pierwszy allel markera nr 3. Plik fenotypy zawiera wartości analizowanej cechy (do wykorzystania w obydwu zadaniach). Plik inne zawiera informacje o rodowodach osobników, ich płci oraz stadzie, do którego należą. Plik genotypy_test zawiera dane analogiczne do pliku genotypy , ale dla mniejszej liczby osobników. Podobnie, plik fenotypy_test zawiera dane analogiczne do pliku fenotypy , ale dla mniejszej liczby osobników. Pliki te posłużą do zweryfikowania modelu z zadania 1. Zadania do wykonania 1. Zbudować model postaci e Xg y n + + Ι = µ , gdzie y jest wektorem fenotypów (czyli zmierzonych wartości interesującej nas cechy), In jest wektorem jedynek, µ jest wartością średnią cechy w badanej populacji, X jest macierzą wystąpień efektów markerów genetycznych, g jest wektorem efektów markerów genetycznych, e jest wektorem składników losowych, o rozkładzie normalnym o średniej zero i wariancji σe 2 . W tym modelu, efekt markera jest traktowany jako efekt stały. Należy zbudować macierze wystąpień In oraz X . Macierz X ma tyle wierszy, ile osobników badamy oraz tyle kolumn, ile efektów SNP. Kodujemy „11” jako 0, „12”, „21” jako 1 oraz „22” jako 2. Oszacować średnią cechy w populacji oraz efekty poszczególnych SNP. Średnia cechy w populacji oraz efekt SNP może być estymowany w następujący sposób: Ι Ι + Ι Ι Ι Ι = − y X y X X X X g n n n n n ' ' ' ' ' ' ˆ ˆ 1 λ µ Przyjąć λ = 10. Następnie:
(…)
… hodowlane poszczególnych osobników. Wartości wariancji
genetycznej oraz wartości błędu wynoszą odpowiednio 35 oraz 15. Należy ustalić ilość
efektów stałych i losowych oraz ilość poziomów tych efektów, utworzyć macierze wystąpień,
utworzyć macierz spokrewnień, zbudować i rozwiązać równania modelu mieszanego.
Następnie:
a) wykonać wykresy otrzymanych estymatorów i predyktorów efektów stałych i
losowych,
b…
…) sprawdzić normalność reszt modelu,
i) zinterpretować wartości oraz wykres reszt modelu,
j) wybrać osobnika o najwyższej wartości hodowlanej, podać jego numer, płeć, numery
rodziców oraz numer stada,
k) która płeć ma wyższy wpływ na analizowaną cechę?
l) które stado ma najwyższy wpływ na analizowaną cechę?
m) jaką parę zwierząt należałoby wybrać na rodziców następnego pokolenia?
WYMAGANIA
Projekt należy…
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)