To tylko jedna z 3 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
enzy 2011-11-23
Strukturlne składniki enzymówi
W pH obojętnym czastek czki aminokwasów mają postać H3N+-CH(R) COO- jon obojniczay
węgiel centralny - asymetryczny
Istnieją izomery L i D. Naturalnie L
W białkach lub peptydach większość naładowanych grup aminowych i karboksylowych aminokwasów jest zneutralizowana w wyniku utworzenia wiązania peptydowego
To co odróżnia jeden aminokwas od drugiego to charakter łańcucha bocznego aminokwasu
łańcuchy
alifatyczne gly ala val leu ile
hydrofiline ser thr zawierające sierkę
aromatyczne his phe tyr tryp
inne pro - zaburza alfahelisę, decydują o chemicznej reaktywności aminokwasów w białkach
Alifatyczne:
hydrofobowy charakter
rozpuszczanie w wodzie kosztowne termodynamiczne
zwijanie białka w strukturę III rzędową
zamknięte wewnątrz cząsteczki
stabilizują wiązania niepolarnych substratów w miejscach wiążących enzymów
hydrofobowść mierzy się oznaczając ich zdolność do podziału między polarnym i niepolarnym rozpuszczalnikiem. Rozpuszcza się analogi aa o zneutralizowanych ładunkach w mieszaninie 50:50 wody i oktanolu. Po zmieszaniu i rozdzieleniu na fazy mierzy się stęzenie pochodzych aa w każdej z faz
met i cys hydrofobowe
Łańcuch boczne aa zawierają w sobie atomy które są połączone z protonami mogacymi służyć jako donory dla tworzenia wiązan wodorowych. Innne aa są akceptorami dzięki samotnej parze elektronowej na atomach łańcuchów bocznych Te odziaływania stabilizuja strukturę białka.
wodorowe tworzą: donorami są: Tyr ser thr trp his cys; w niskim pH Glu asp akceptorami tyr glu asp ser htr his cys met kilka aa może być donorami i akceptorami
odziaływania elektrostatyczne
między zasadowymi i kwaśnymi
Mogą się tworzyć wewątrz cząstek białka między naładowanymi a łańcuchów bocznych i innymi naładowanymi grupami na ligandach lub innych makrocząsteczkach tworzą się między białkami które wiążą się z kwasami nukleinowymi (histony) bogate w liz i arg
Gdy elektrony są transportowane z cytochromu c na oksydazę cytochromową zachodzi redukcja tlenu cząstekczowego do wody. Żeby elektrony mogły przeskoczyć z jednego na drugie białko te białka muszą tworzyć ciasny kompleks o Kd=~ 10-9 M (nanao, trzeba wiedzieć) Po rozwiązaniu struktury krystalicznej cytochromu c okazało się że na jego powieszchni znajduje się pole bardzo bogate w reszty lizyny. Na cząsteczcze oksydazy cytochromowej znajduje się obszar...
Kompleks dysocjuje po dodaniu stężonych soli do roztworu białek
Jest 7 aa których łańcch boczne zachowują się jak kwasy B-Lowregeo i skoniugowane zasady tyr his cys liz arg glu asp dzięki temu enzymu są wybosażone w mechanizm pozwaljacy na transport rotonów między substratami i produktowami reakcji. Oprócz tego łańcuchy boczne wymienionych aa mogą brać udział w reakcjach...
(…)
… aktywnym metaloproteaz metale tworzą wiązania kordynacyjne
Pierścięń imidazolwy his bardzo często występuje w tej roli zn tworzy 4 koroydnacyjne np. 3 w anhydrazie węglanowej
dodatno ładadowene liz i arg mogą wiżać anony i polianiony to są wazne interakcje dla wiązania substratów kofaktorów i inhibitorów wiązania kowalencyjne z PO4-
ufosforylowany pośrednik tworzy się w wyniku przeniesineia fosforanu…
… dla katalizy stan przejściowy hydrolizy
W stanie przejściowym tej reakcji karbonyloyw tlen ma częściowy ładunek ujemny, przeto węgiel ładunek dodatni a tlen cząsteczkowy wody ładunek ujemny. Jeśli umieścić grupe zasadową w stałej pozycji blisko cząsteczek wody to można uzyskać stabilizację stanu przejściowego przez cześciowe przeniesienie jednego protona z cząsteczki wody na zasadę. Pozwala to na przebieg…
… wiązania mogą być tworzone miezy jednym lub dwoma aa. stabiluzują pofałdowaną sturkturę białek
fosforylacje
Wspólnym miejscem fosforylacji są grupy OH ser treoniny tyrozyny ale histydyna lizyna i kwas asparganinowy mogą być też w ten sposób modyfikowane. Fosforylacja i defosforylacja tyr ma znacznie podstawowe w przenoszeniu sygnałów w komórkach
glikozylacje
białka mogą przyłączać cukry w wyniku tworznia…
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)