AMINOKWASY
Są podstawowymi elementami budulcowymi białek. Alfa-aminokwas jest zbudowany z centralnie usytuowanego atomu węgla, określanego jako węgiel alfa, połączonego z grupą aminową, karboksylową, atomem wodoru i łańcuchem bocznym (grupa R). Cztery różne grupy połączone z tetraedrycznym atomem węgla nadają charakter chiralny, powstają dwa izomery L i D. Białka zbudowane są wyłącznie z L-aminokwasów.
Alifatyczne: Glicyna (GLY, G), Alanina (ALA,A), Walina(VAL,V), Leucyna (LEU,L), Izoleucyna (ILE, I) , Prolina (PRO,P)
Aromatyczne (mają pierścień aromatyczny): Fenyloalanina (PHE,F), Tyrozyna (TYR,Y), Tryptofan (TRP, W) Hydroksyaminokwasy (zawierają grupę -OH): Seryna (SER,S), Treonina (THR,T)
Siarkowe: Cysteina (CYS,C), Metionina (MET,M)
Zasadowe: Lizyna (LYS,K), Argninina (ARG,R), Histydyna (HIS,H)
Kwaśne i ich amidy: Kwas glutaminowy(GLU,E), Kwas asparaginowy (ASP,D), Glutamininan (GLN,Q), Asparaginian (ASN,N)
RNA różni się od DNA tym, że:
jest przeważnie cząsteczką jednoniciową
często zasady parują się miedzy sobą (wewnątrzniciowe parowanie zasad)
wykorzystuje uracyl zamiast tyminy
BUDOWA DNA:
DNA jest liniowym polimerem, w którego skład wchodzą cztery monomery, posiada stały rdzeń zbudowany z powtarzających się jednostek cukrowo-fosforanowych. Cukier do deoksyryboza, do każdego cukru dołączona jest jedna z czterech zasad: adenina, cytozyna, guanina, tymina. Wszystkie cztery zasady są płaskie, puryny to adenina, guanina, natomiast pirymidyny to cytozyna, tymina (w RNA uracyl). DNA jest przestrzenną strukturą o nazwie dwuniciowa helisa, ułożona tak, że cukrowo-fosforanowy rdzeń leży na zewnątrz, a zasady znajdują się we wnętrzu helisy. Adenina tworzy podwójne wiązanie z tyminą, guanina potrójne wiązanie z cytozyną. Każda para zasad ma taki sam kształt dlatego pasuje do wnętrza helisy. Sekwencja wzdłuż jednej nici determinuje całkowicie sekwencję drugiej nici. BUDOWA RNA: Cukrem zamiast deoksyrybozy jest ryboza, a zamiast tyminy występuje uracyl. RNA Pełni trzy funkcje:
pośredniczy w przepływie informacji z DNA do białka. DNA jest transkrybowany na informacyjny RNA (mRNA), który ulega translacji w procesie syntezy białka.
Pełni funkcje adaptorów, które przetwarzają informację zawartą w sekwencji kwasu nukleinowego mRNA w informację określająca sekwencję składników budujących białko
są ważnymi składnikami rybosomów, które prowadzą translację.
WIĄZANIA ELEKTROSTATYCZNE (JONOWE):
Zależą od elektrycznych ładunków atomów. Wiązanie to powstaje najczęściej między metalem a niemetalem. Różnica elektroujemności w skali Paulinga jest większa lub równa 1,7. Największy udział tego rodzaju wiązania można zaobserwować w związkach L
(…)
… przepływu konieczne jest zastosowanie zwiększonego ciśnienia, uzyskujemy wysoką rozdzielczość i szybki rozdział.
ELEKTROFOREZA ŻELOWA (SDS-PAGE):
Wykorzystane jest zjawisko posiadania ładunków przez cząsteczkę i poruszania się jej w polu elektrycznym. Szybkość wędrówki v białka w polu zależy od natężenia pola elektrycznego E, do wypadkowego ładunku cząsteczki białka z i współczynnika tarcia f. Rozdział elektroforetyczny prowadzi się prawie zawsze w żelu (lub na stałym nośniku), przez co znacznie zwiększają rozdzielczość. Cząsteczki o małych rozmiarach poruszają się z dużą prędkością, cząsteczki większe prawie się nie poruszają. Pośrednie poruszają się w żelu z różną prędkością. Elektroforezę prowadzi się na cienkich, pionowo ustawionych płytach z żelem poliakryloamidowym. Kierunek elektroforezy przebiega od góry…
… stopniu utlenienia
Pusta 6 pozycja koordynacyjna
Histydyna w 5 pozycji koordynacjej
MIEJSCA WIĄZANIA HEMU W MIOGLOBINIE:
Histydyna proksymalna jest zaangażowana w wiązanie żelaza
Utlenowanie powoduje wprowadzenie O2 w kompleks koordynacyjny z żelazem hemu
Oddzielenie hemu w niepolarnym środowisku jest ważne w zapobieganiu utlenieniu jonu żelazowego ( wpływaniu wody zapobiega niepolarne środowisko…
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)