To tylko jedna z 15 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
1 Korzystaj z programu BLAST pod adresem : www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 1. BLink – poszukiwanie homologów już wcześniej obliczonych gi|1173454|sp|P45897|SMA4_CAEEL Dwarfin sma-4 (MAD protein homolog 3) MFHPGMTSQPSTSNQMYYDPLYGAEQIVQCNPMDYHQANILCGMQYFNNSHNRYPLLPQMPPQFTNDHPY DFPNVPTISTLDEASSFNGFLIPSQPSSYNNNNISCVFTPTPCTSSQASSQPPPTPTVNPTPIPPNAGAV LTTAMDSCQQISHVLQCYQQGGEDSDFVRKAIESLVKKLKDKRIELDALITAVTSNGKQPTGCVTIQRSL DGRLQVAGRKGVPHVVYARIWRWPKVSKNELVKLVQCQTSSDHPDNICINPYHYERVVSNRITSADQSLH VENSPMKSEYLGDAGVIDSCSDWPNTPPDNNFNGGFAPDQPQLVTPIISDIPIDLNQIYVPTPPQLLDNW CSIIYYELDTPIGETFKVSARDHGKVIVDGGMDPHGENEGRLCLGALSNVHRTEASEKARIHIGRGVELT AHADGNISITSNCKIFVRSGYLDYTHGSEYSSKAHRFTPNESSFTVFDIRWAYMQMLRRSRSSNEAVRAQ AAAVAGYAPMSVMPAIMPDSGVDRMRRDFCTIAISFVKAWGDVYQRKTIKETPCWIEVTLHRPLQILDQL LKNSSQFGSS Stosując Related information - BLink znajdź homologi u Xenopus laevis do podanego powyżej białka Caenorhabditis elegans . Ile jest tych homologów? Wykorzystaj Choose Display Options i następnie Best Hits. Zobacz przyrównanie klikając na wartość score. 130 gatunków :D 2. Czułość poszukiwań na poziomie DNA i białek oraz wielkość słów sekA GAATATATGAAGACCAAGATTGCAGTCCTGCTGGCCTGAGCCACGCTATTCTTGCTGTTGGTTACGGAACCGAGAATGGTAAA GACGACTGGATCATTGAGAACTCCTGGGGAGCCAGTTGGGGTGAACAAGGTTATTTCAGGCTTGCTCGTGGTAAAAAC sekB GAGTGTACGATGAGCCCGAGTGTAGCAGTGAAGATCTGGACCACGGTGTACTCGTTGTCGGCTATGGTGTTAAGGGTGGGAAG AAGTACTGGCTCGTCAAGAACAGCTGGGCTGAATCCTGGGGAGACCAAGGCTACATCCTTATGTCCCGTGACAACAAC 2.1. Korzystając z programu bl2seq spróbuj wykonać przyrównanie na poziomie nukleotydowym i aminokwasowym. W pierwszym przypadku skorzystaj z Somewhat similar sequences (blastn). W drugim przypadku skorzystaj z opcji tblastx. Wybierz najmniejszą 2 wielkość okna jaką się da (word size = 7 dla sekwencji nukleotydowych i 2 dla sekwencji aminokwasowych)? Jakie są twoje wnioski? Aminokwasy lepsze :D 2.2. Wejdź na stronę: http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_www.cgi?rm=compare i dokonaj przyrównania sekwencji nukleotydowych próbując różne wielkości słów (k-tup). Kiedy uzyskałeś istotne przyrównanie? Co trzeba zrobić, aby znaleźć odległego homologa? Wygrywa 3 :D 3 3. Regiony o słabej złożoności gi|6321599|ref|NP_011675.1| Nucleolar protein that binds nuclear localization sequences, required for pre-rRNA processing and ribosome biogenesis; Nsr1p [Saccharomyces cerevisiae] MAKTTKVKGNKKEVKASKQAKEEKAKAVSSSSSESSSSSSSSSESESESESESESSSSSSSSDSESSSSS SSDSESEAETKKEESKDSSSSSSDSSSDEEEEEEKEETKKEESKESSSSDSSSSSSSDSESEKEESNDKK
(…)
…
TGAAAAGTTTGTACGCTCCAGACATACACATATGCATATATCTAAACACATTCCCGATTTCGAAAATATT
TTAGAACTTTTAGCTTACATTCTTTGTTCTGTTTTTTTGATTTAACCCGTGTAATTATTAATTAATGAAT
AAACTTAAATGCGAAAATGTTCAA
7
Podobieństwa :D
Przeprowadź przeszukiwania bazy nr ssaków w celu znalezienia homologów do genu muszki
owocowej stosując programy MegaBLAST i discontiguous MegaBLAST. Czy są różnice w
poszukiwaniach? Z czego one wynikają?
Różniące się :D
8. Startery do PCR
>F12
GTCAAGTGGCAACTCCGTCAG
8
>R8…
…% 172..116
10. Klonowanie dinozaura i zaszyfrowane zdanie
>DinoDNA_1
GCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGC
GGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCG
TGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGC
TGCTCACGCTGTACCTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTG
CCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCAACCCGGTAA…
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)