To tylko jedna z 16 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
Korzystaj z programu BLAST pod adresem : www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 1. BLink – poszukiwanie homologów już wcześniej obliczonych gi|1173454|sp|P45897|SMA4_CAEEL Dwarfin sma-4 (MAD protein homolog 3) MFHPGMTSQPSTSNQMYYDPLYGAEQIVQCNPMDYHQANILCGMQYFNNSHNRYPLLPQMPPQFTNDHPY DFPNVPTISTLDEASSFNGFLIPSQPSSYNNNNISCVFTPTPCTSSQASSQPPPTPTVNPTPIPPNAGAV LTTAMDSCQQISHVLQCYQQGGEDSDFVRKAIESLVKKLKDKRIELDALITAVTSNGKQPTGCVTIQRSL DGRLQVAGRKGVPHVVYARIWRWPKVSKNELVKLVQCQTSSDHPDNICINPYHYERVVSNRITSADQSLH VENSPMKSEYLGDAGVIDSCSDWPNTPPDNNFNGGFAPDQPQLVTPIISDIPIDLNQIYVPTPPQLLDNW CSIIYYELDTPIGETFKVSARDHGKVIVDGGMDPHGENEGRLCLGALSNVHRTEASEKARIHIGRGVELT AHADGNISITSNCKIFVRSGYLDYTHGSEYSSKAHRFTPNESSFTVFDIRWAYMQMLRRSRSSNEAVRAQ AAAVAGYAPMSVMPAIMPDSGVDRMRRDFCTIAISFVKAWGDVYQRKTIKETPCWIEVTLHRPLQILDQL LKNSSQFGSS Stosując Related information - BLink znajdź homologi u Xenopus laevis do podanego powyżej białka Caenorhabditis elegans . Ile jest tych homologów? Wykorzystaj Choose Display Options i następnie Best Hits. Zobacz przyrównanie klikając na wartość score. 26 Homologów 2. Czułość poszukiwań na poziomie DNA i białek oraz wielkość słów sekA GAATATATGAAGACCAAGATTGCAGTCCTGCTGGCCTGAGCCACGCTATTCTTGCTGTTGGTTACGGAACCGAGAATGGTAAA GACGACTGGATCATTGAGAACTCCTGGGGAGCCAGTTGGGGTGAACAAGGTTATTTCAGGCTTGCTCGTGGTAAAAAC sekB GAGTGTACGATGAGCCCGAGTGTAGCAGTGAAGATCTGGACCACGGTGTACTCGTTGTCGGCTATGGTGTTAAGGGTGGGAAG AAGTACTGGCTCGTCAAGAACAGCTGGGCTGAATCCTGGGGAGACCAAGGCTACATCCTTATGTCCCGTGACAACAAC 2.1. Korzystając z programu bl2seq spróbuj wykonać przyrównanie na poziomie nukleotydowym i aminokwasowym. W pierwszym przypadku skorzystaj z Somewhat similar sequences (blastn). W drugim przypadku skorzystaj z opcji tblastx. Wybierz najmniejszą wielkość okna jaką się da (word size = 7 dla sekwencji nukleotydowych i 2 dla sekwencji aminokwasowych)? Jakie są twoje wnioski? Nukleotydowe: Aminokwasowe: 2.2. Wejdź na stronę: http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_www.cgi?rm=compare i dokonaj przyrównania sekwencji nukleotydowych próbując różne wielkości słów (k-tup). Kiedy uzyskałeś istotne przyrównanie? Co trzeba zrobić, aby znaleźć odległego homologa? k-tup= 6 k-tup= 5 k-tup= 4 k-tup= 3 k-tup= 2 k-tup= 1 3. Regiony o słabej złożoności gi|6321599|ref|NP_011675.1| Nucleolar protein that binds nuclear localization sequences, required for pre-rRNA processing and ribosome biogenesis; Nsr1p [Saccharomyces cerevisiae] MAKTTKVKGNKKEVKASKQAKEEKAKAVSSSSSESSSSSSSSSESESESESESESSSSSSSSDSESSSSS
(…)
…
GCGTTAGGCGGAAGAGCATATACAATTTCGACATAAATATTTTTTAAACATTTTACATTTTACATTGGTG
TGAAAAGTTTGTACGCTCCAGACATACACATATGCATATATCTAAACACATTCCCGATTTCGAAAATATT
TTAGAACTTTTAGCTTACATTCTTTGTTCTGTTTTTTTGATTTAACCCGTGTAATTATTAATTAATGAAT
AAACTTAAATGCGAAAATGTTCAA
Przeprowadź przeszukiwania bazy nr ssaków w celu znalezienia homologów do genu muszki
owocowej stosując programy MegaBLAST i discontiguous MegaBLAST. Czy są różnice w
poszukiwaniach? Z czego one wynikają?
MEGABLAST
discontiguous MegaBLAST
Różnice w poszukiwaniu wynikają z różnic w algorytmach megablast i discontiguous
megablast. Pierwszy przyrównuje bardzo dużo nukleotydów zakładając, że są one identyczne
i w tej samej kolejności(ciągłe), drugi zakłada, że mogły nastąpić jakieś mutacje, nukleotydy
różnią się kolejnością(nieciągłe)
8. Startery do PCR
>F12
GTCAAGTGGCAACTCCGTCAG
>R8
TTGAGAGATGGATTGTTGCTC
11.1. Sprawdź, jaki gen…
…
IPRSLDGRLQVSHRKGLPHVIYCRVWRWPDLQSHHELKPLECCEFPFGSKQKEVCINPYHYRRVETPVLP
PVLVPRHSEYNPQLSLLAKFRSASLHSEPLMPHNATYPDSFQQSLGPAPPSSPGHVFPQSPCPTSYPQSP
GSPSESDSPYQHSDFRPVCYEEPLHWCSVAYYELNNRVGETFQASSRSVLIDGFTDPSNNRNRFCLGLLS
NVNRNSTIENTRRHIGKGVHLYYVGGEVYAECVSDSSIFVQSRNCNYQHGFHPATVCKIPSGCSLKVFNN
QLFAQLLAQLLAQSVHHGFEVVYELTKMCTIRMSFVKGWGAEYHRQDVTSTPCWIEIHLHGPLQWLDKVL
TQMGSPHNPISSVS
1. Stosując BLASTP znajdź homologi u ssaków wykluczając sekwencje szczura.
Wykorzystaj okno “Entrez query” wpisując: ...[organism] NOT ...[organism]
2. Po uzyskaniu wyników sprawdź czy w danych nie ma sekwencji szczura.
Nie ma szczura.
6. Szukanie odległych homologów
>gi|1173454|sp|P45897|SMA4_CAEEL Dwarfin sma-4 (MAD protein homolog 3)
MFHPGMTSQPSTSNQMYYDPLYGAEQIVQCNPMDYHQANILCGMQYFNNSHNRYPLLPQMPPQFTNDHPY
DFPNVPTISTLDEASSFNGFLIPSQPSSYNNNNISCVFTPTPCTSSQASSQPPPTPTVNPTPIPPNAGAV…
… do porównania sekwencji nieciągłych (discontinues)
12.2. Wejdź do MapViewer klikając na znalezioną sekwencję lub przycisk Genome View. Na
jakim chromosomie znajduje się szczurzy homolog? Ile eksonów zostało znalezionych? Jakie
są % identyczności porównywanych sekwencji?
Chromosom: 14
Znaleziono 10 egzonów
% identyczności na obrazku
10. Klonowanie dinozaura i zaszyfrowane zdanie
>DinoDNA_1…
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)