Poszukiwanie sekwencji podobnych

Nasza ocena:

5
Pobrań: 28
Wyświetleń: 1029
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Poszukiwanie sekwencji podobnych - strona 1 Poszukiwanie sekwencji podobnych - strona 2 Poszukiwanie sekwencji podobnych - strona 3

Fragment notatki:


  1  Wskazówki:  W  celach  porównawczych  przyrównania  możesz  oglądać  w  jakimś  edytorze  tekstowym  (Word, WordPad, Notatnik), programie ClustalX.   Formaty możesz zmieniać na stronie : www.ebi.ac.uk/cgi-bin/readseq.cgi  lub w ClustalX.    1. Poszukiwanie sekwencji podobnych, wykonywanie przyrównania online i ich ocena     1.  W oparciu o BLASTP dostępny na stronie  www.expasy.org/tools/blast/  znajdź sekwencje  podobne  do  ludzkiej  albuminy  P02768  w  bazie  Swiss-Prot.  Wybierz  blastp  -  query  against another protein database UniRef50.  2.  Zaznacz  uwzględniając  wysłaną  sekwencję  wybierz  do  10  znalezionych  sekwencji  tak,  aby równomiernie reprezentowały wartości   E , nieprzekraczające 10-4. Przed wybraniem  sekwencji upewnij się w oparciu o przyrównania, że są podobne do sekwencji wysłanej  na całej długości.  3.  Wykonaj  przyrównania  zaznaczonych  sekwencji  przy  pomocy  dwóch  z  trzech  programów: ClustalW, T-Coffee, MAFFT.      2        Przy 10 sekwencjach:    3    2. Przyrównanie sekwencji globin programem ClustalW    HBB_HUMAN  VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKG TFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH  HBB_HORSE  VQLSGEEKAAVLALWDKVNEEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGDLSNPGAVMGNPKVKAHGKKVLHSFGEGVHHLDNLKG TFAALSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGKDFTPELQASYQKVVAGVANALAHKYH  HBA_HUMAN  VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSAL SDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR  HBA_HORSE  VLSAADKTNVKAAWSKVGGHAGEYGAEALERMFLGFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKAHGKKVGDALTLAVGHLDDLPGALSNL SDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLSTLAVHLPNDFTPAVHASLDKFLSSVSTVLTSKYR  MYG_PHYCA  VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHE AELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG  GLB5_PETMA  PIVDTGSVAPLSAAEKTKIRSAWAPVYSTYETSGVDILVKFFTSTPAAQEFFPKFKGLTTADQLKKSADVRWHAERIINAVND AVASMDDTEKMSMKLRDLSGKHAKSFQVDPQYFKVLAAVIADTVAAGDAGFEKLMSMICILLRSAY  LGB2_LUPLU  GALTESQAALVKSSWEEFNANIPKHTHRFFILVLEIAPAAKDLFSFLKGTSEVPQNNPELQAHAGKVFKLVYEAAIQLQVTGV VVTDATLKNLGSVHVSKGVADAHFPVVKEAILKTIKEVVGAKWSEELNSAWTIAYDELAIVIKKEMNDAA     W  oparciu  o  ClustalW  dostępny  na  stronie   http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/  dokonaj  przyrównania  sekwencji.  Oglądnij  uzyskane  przyrównanie  w  JalView:  Result  Summary  -  Start  JalView.  Ile  jest  konserwatywnych  bloków  poprzedzielanych  słabo  przyrównanymi (zmiennymi) regionami?    4      Jest 5 konserwatywnych bloków    3. Przyrównanie sekwencji globin programem ClustalX    1.  Zapisz powyższe sekwencje do pliku tekstowego. 

(…)

…; multiple
alignment: gap openinig = 15 gap extension = 0.30. Wykonaj przyrównanie i zapisz
uzyskane przyrównanie w formacie FASTA.
5
4. Zrób drzewo filogenetyczne (Trees -> Draw N-J Tree) zaznaczając poprawkę na
wielokrotne podstawienia (Trees -> Correct for Multiple Substitutions). Oglądając drzewa
w programie njplot porównaj przewodnie drzewo (plik *.dnd) z uzyskanym drzewem
filogenetycznym (plik *.ph…
... zobacz całą notatkę



Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz