To tylko jedna z 11 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
Wskazówki: W celach porównawczych przyrównania możesz oglądać w jakimś edytorze tekstowym (Word, WordPad, Notatnik), programie ClustalX. Formaty możesz zmieniać na stronie: www.ebi.ac.uk/cgi-bin/readseq.cgi l ub w ClustalX. 1. Poszukiwanie sekwencji podobnych, wykonywanie przyrównania online i ich ocena 1. W oparciu o BLASTP dostępny na stronie www.expasy.org/tools/blast/ znajdź sekwencje podobne do ludzkiej albuminy P02768 w bazie Swiss-Prot. Wybierz blastp - query against another protein database UniRef50. 2. Zaznacz uwzględniając wysłaną sekwencję wybierz do 10 znalezionych sekwencji tak, aby równomiernie reprezentowały wartości E , nieprzekraczające 10-4. Przed wybraniem sekwencji upewnij się w oparciu o przyrównania, że są podobne do sekwencji wysłanej na całej długości. 3. 4. Wykonaj przyrównania zaznaczonych sekwencji przy pomocy dwóch z trzech programów: ClustalW, T-Coffee, MAFFT. 1 2 3 2. Przyrównanie sekwencji globin programem ClustalW HBB_HUMAN VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKG TFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH HBB_HORSE VQLSGEEKAAVLALWDKVNEEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGDLSNPGAVMGNPKVKAHGKKVLHSFGEGVHHLDNLKG TFAALSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGKDFTPELQASYQKVVAGVANALAHKYH HBA_HUMAN VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSAL SDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR HBA_HORSE VLSAADKTNVKAAWSKVGGHAGEYGAEALERMFLGFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKAHGKKVGDALTLAVGHLDDLPGALSNL SDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLSTLAVHLPNDFTPAVHASLDKFLSSVSTVLTSKYR MYG_PHYCA VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHE AELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG GLB5_PETMA PIVDTGSVAPLSAAEKTKIRSAWAPVYSTYETSGVDILVKFFTSTPAAQEFFPKFKGLTTADQLKKSADVRWHAERIINAVND AVASMDDTEKMSMKLRDLSGKHAKSFQVDPQYFKVLAAVIADTVAAGDAGFEKLMSMICILLRSAY LGB2_LUPLU GALTESQAALVKSSWEEFNANIPKHTHRFFILVLEIAPAAKDLFSFLKGTSEVPQNNPELQAHAGKVFKLVYEAAIQLQVTGV VVTDATLKNLGSVHVSKGVADAHFPVVKEAILKTIKEVVGAKWSEELNSAWTIAYDELAIVIKKEMNDAA W oparciu o ClustalW dostępny na stronie http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/ dokonaj przyrównania sekwencji. Oglądnij uzyskane przyrównanie w JalView: Result Summary - Start JalView. Ile jest konserwatywnych bloków poprzedzielanych słabo przyrównanymi (zmiennymi) regionami? 4 Konserwatywnych bloków jest 5. 3. Przyrównanie sekwencji globin programem ClustalX 1. Zapisz powyższe sekwencje do pliku tekstowego. 2. W oparciu o zainstalowany na Twoim komputerze ClustalX dokonaj przyrówania
(…)
…; multiple
alignment: gap openinig = 15 gap extension = 0.30. Wykonaj przyrównanie i zapisz
uzyskane przyrównanie w formacie FASTA.
5
4. Zrób drzewo filogenetyczne (Trees -> Draw N-J Tree) zaznaczając poprawkę na
wielokrotne podstawienia (Trees -> Correct for Multiple Substitutions). Oglądając drzewa
w programie njplot porównaj przewodnie drzewo (plik *.dnd) z uzyskanym drzewem
filogenetycznym (plik *.ph…
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)