To tylko jedna z 50 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
Uniwersalne drzewo filogenetyczne świata żywego skonstruowane na podstawie analizy sekwencji 16S i 18S rRNA Domeny Domeny Bacteria Bacteri i Archaea Archae grupują wszystkie znane organizmy grupują wszystkie znane organizmy o prokariotycznym o prokariotyczny typie budowy komórki typie budowy komórk Bacteria Bacteri Archaea Archae ŚCIANA KOMÓRKOWA Występuje mureina Występuje murein Brak mureiny Brak murein Występuje pseudomureina, Występuje pseudomureina, polisacharydy, białka lub polisacharydy, białka lub glikoproteiny glikoprotein BŁONA CYTOPLAZMA- TYCZNA Kwasy tłuszczowe Kwasy tłuszczowe połączone z resztą połączone z resztą glicerolową zawsze glicerolową zawsze wiązaniem ESTROWYM wiązaniem ESTROWY Brak kwasów tłuszczowych Brak kwasów tłuszczowyc Glicerol połączony Glicerol połączony z izoprenoidami lub z izoprenoidami lub hydroksyizoprenoidami hydroksyizoprenoidami wiązaniem ETEROWYM wiązaniem ETEROWY RYBOSOMY 70S 70 70S 70 Bacteria Bacteri & Archaea Archaea • wiele archeonów to organizmy ekstremofilne , tzn. takie, które doskonale czują się w ekstremalnych dla innych warunkach (np. hipertermofile, halofile, alkalofile) • jako jedyne prokarioty są zdolne do jako jedyne prokarioty są zdolne d biosyntezy metanu • brak fotoautotrofów • dotychczas nie zidentyfikowano ani jednego dotychczas nie zidentyfikowano ani jednego patogenu patogen Uwaga na nazewnictwo Uwaga na nazewnictwo archeonów: archeonów: wiele z nich ma w nazwie wiele z nich ma w nazwie - bacterium bacteriu , - , bacter bact lub inne podobne słowo lub inne podobne słowo kojarzące się, kojarzące się, w tym wypadku w tym wypadku błędnie błędni , , z bakteriami. z bakteriami Drzewo filogenetyczne domeny Bacteria skonstruowane na podstawie analizy sekwencji 16S rRNA DLACZEGO rRNA? DLACZEGO rRNA 1. Występuje we wszystkich grupach organizmów Występuje we wszystkich grupach organizmó 2. U wszystkich organizmów pełni równoważne funkcje U wszystkich organizmów pełni równoważne funkcj 3. Zawiera kilka regionów wysoce konserwatywnych Zawiera kilka regionów wysoce konserwatywnych (niezmiennych) = ich analiza umożliwia klasyfikację (niezmiennych) = ich analiza umożliwia klasyfikację (poprzez dopasowanie porównywanych cząsteczek) (poprzez dopasowanie porównywanych cząsteczek)
(…)
…
• Uzyskanie czystej kultury.
• Enzymatyczne trawienie ściany komórkowej - białka
„wypływają” z komórek.
• Oddzielenie fragmentów komórek przez wirowanie
• Wprowadzenie białek do aparatu elektroforetycznego
zawierającego odpowiedni żel.
• Rozdział białek w czasie elektroforezy w zależności od
masy cząsteczkowej - „małe przemieszczają się
szybciej, im większe tym wolniej”.
FENOTYPOWA IDENTYFIKACJA MIKROORGANIZMÓW
Fingerprint (odcisk palca) fenotypu
(badania porównawcze na podstawie np.: analizy
profili białkowych - metoda SDS-PAGE )
FENOTYPOWA IDENTYFIKACJA MIKROORGANIZMÓW
Wprowadzenie obrazu żelu (układu prążków)
do programu statystycznego komputera.
Program odczytuje intensywności barwy
i przetwarza je na sekwencje numeryczne:
• maksymalną czerń jako 1,
• czystą biel (brak prążka) jako 0,
• szarości…
… numerycznych uzyskanych z analizy
profili białek komórkowych - dendrogram
Większa
odległość bakterie
bardziej się
różnią
Mniejsza
odległość bakterie
bardziej do
siebie
podobne
FENOTYPOWA IDENTYFIKACJA MIKROORGANIZMÓW
Identyfikacja mikroorganizmów w oparciu
o chromatografię gazową
Analiza profili kwasów tłuszczowych pochodzących
z lipidów ściany komórkowej
(FAME – ang. fatty acid methyl esther)
skład kwasów tłuszczowych jest unikalny
i charakterystyczny dla każdego gatunku mikroorganizmu
przy zachowaniu kontrolowanych warunków hodowli
zarówno ilościowy, jak i jakościowy skład ściany komórkowej
bakterii kodowany jest przez DNA genomowe i nie ma na
niego wpływu informacja genetyczna zawarta w plazmidach
Analiza jakościowa – obecność specyficznych
kwasów tłuszczowych
Analiza ilościowa – określenie zawartości…
… do badania
pokrewieństwa na poziomie gatunku
- porównuje się stopień w jakim parowane
są („pasują do siebie”) nici DNA
2 różnych organizmów.
Sondy genetyczne – krótkie fragmenty DNA, zawierające
sekwencje unikatowe dla danego organizmu
- kwas nukleinowy sondy jest znakowany radioaktywnym
fosforem [³²P] lub wodorem [³H], barwnikiem
fluorescencyjnym lub enzymem.
METODY IDENTYFIKACJI GENOMÓW ORGANIZMÓW…
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)