Mikrobiologia - wykład 3

Nasza ocena:

5
Pobrań: 133
Wyświetleń: 889
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Mikrobiologia - wykład 3 - strona 1 Mikrobiologia - wykład 3 - strona 2 Mikrobiologia - wykład 3 - strona 3

Fragment notatki:


    Uniwersalne drzewo filogenetyczne świata żywego  skonstruowane na podstawie analizy sekwencji  16S i 18S rRNA     Domeny  Domeny Bacteria Bacteri   i     Archaea Archae grupują wszystkie znane organizmy  grupują wszystkie znane organizmy o prokariotycznym o prokariotyczny typie budowy komórki typie budowy komórk     Bacteria Bacteri Archaea Archae ŚCIANA KOMÓRKOWA Występuje mureina Występuje murein Brak mureiny Brak murein Występuje pseudomureina,  Występuje pseudomureina, polisacharydy, białka lub  polisacharydy, białka lub glikoproteiny glikoprotein BŁONA  CYTOPLAZMA- TYCZNA Kwasy tłuszczowe  Kwasy tłuszczowe połączone z resztą  połączone z resztą glicerolową zawsze  glicerolową zawsze wiązaniem ESTROWYM wiązaniem ESTROWY Brak kwasów tłuszczowych Brak kwasów tłuszczowyc Glicerol połączony  Glicerol połączony z izoprenoidami lub  z izoprenoidami lub hydroksyizoprenoidami  hydroksyizoprenoidami wiązaniem ETEROWYM wiązaniem ETEROWY RYBOSOMY 70S 70 70S 70 Bacteria Bacteri   &  Archaea           Archaea  •  wiele archeonów to  organizmy  ekstremofilne , tzn. takie,  które doskonale czują się  w ekstremalnych dla innych  warunkach  (np. hipertermofile, halofile,  alkalofile) •  jako jedyne prokarioty są zdolne do jako jedyne prokarioty są zdolne d   biosyntezy  metanu •  brak fotoautotrofów •  dotychczas nie zidentyfikowano ani jednego  dotychczas nie zidentyfikowano ani jednego patogenu patogen     Uwaga na nazewnictwo  Uwaga na nazewnictwo archeonów:  archeonów: wiele z nich ma w nazwie  wiele z nich ma w nazwie - bacterium bacteriu  , - ,   bacter bact    lub inne podobne słowo  lub inne podobne słowo kojarzące się,  kojarzące się, w tym wypadku  w tym wypadku błędnie błędni ,  , z bakteriami. z bakteriami     Drzewo filogenetyczne domeny  Bacteria   skonstruowane na podstawie  analizy sekwencji 16S rRNA     DLACZEGO rRNA? DLACZEGO rRNA 1. Występuje we wszystkich grupach organizmów  Występuje we wszystkich grupach organizmó 2. U wszystkich organizmów pełni równoważne funkcje  U wszystkich organizmów pełni równoważne funkcj 3. Zawiera kilka regionów wysoce konserwatywnych   Zawiera kilka regionów wysoce konserwatywnych (niezmiennych) = ich analiza umożliwia klasyfikację  (niezmiennych) = ich analiza umożliwia klasyfikację (poprzez dopasowanie porównywanych cząsteczek)  (poprzez dopasowanie porównywanych cząsteczek)

(…)


• Uzyskanie czystej kultury.
• Enzymatyczne trawienie ściany komórkowej - białka
„wypływają” z komórek.
• Oddzielenie fragmentów komórek przez wirowanie
• Wprowadzenie białek do aparatu elektroforetycznego
zawierającego odpowiedni żel.
• Rozdział białek w czasie elektroforezy w zależności od
masy cząsteczkowej - „małe przemieszczają się
szybciej, im większe tym wolniej”.
FENOTYPOWA IDENTYFIKACJA MIKROORGANIZMÓW
Fingerprint (odcisk palca) fenotypu
(badania porównawcze na podstawie np.: analizy
profili białkowych - metoda SDS-PAGE )
FENOTYPOWA IDENTYFIKACJA MIKROORGANIZMÓW
Wprowadzenie obrazu żelu (układu prążków)
do programu statystycznego komputera.
Program odczytuje intensywności barwy
i przetwarza je na sekwencje numeryczne:
• maksymalną czerń jako 1,
• czystą biel (brak prążka) jako 0,
• szarości…
… numerycznych uzyskanych z analizy
profili białek komórkowych - dendrogram
Większa
odległość bakterie
bardziej się
różnią
Mniejsza
odległość bakterie
bardziej do
siebie
podobne
FENOTYPOWA IDENTYFIKACJA MIKROORGANIZMÓW
Identyfikacja mikroorganizmów w oparciu
o chromatografię gazową
Analiza profili kwasów tłuszczowych pochodzących
z lipidów ściany komórkowej
(FAME – ang. fatty acid methyl esther)
skład kwasów tłuszczowych jest unikalny
i charakterystyczny dla każdego gatunku mikroorganizmu
przy zachowaniu kontrolowanych warunków hodowli
zarówno ilościowy, jak i jakościowy skład ściany komórkowej
bakterii kodowany jest przez DNA genomowe i nie ma na
niego wpływu informacja genetyczna zawarta w plazmidach

Analiza jakościowa – obecność specyficznych
kwasów tłuszczowych
Analiza ilościowa – określenie zawartości…
… do badania
pokrewieństwa na poziomie gatunku
- porównuje się stopień w jakim parowane
są („pasują do siebie”) nici DNA
2 różnych organizmów.
Sondy genetyczne – krótkie fragmenty DNA, zawierające
sekwencje unikatowe dla danego organizmu
- kwas nukleinowy sondy jest znakowany radioaktywnym
fosforem [³²P] lub wodorem [³H], barwnikiem
fluorescencyjnym lub enzymem.
METODY IDENTYFIKACJI GENOMÓW ORGANIZMÓW…
... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz