To tylko jedna z 32 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
METODY HODOWLANE METODY HODOWLANE - zagadnienia 1. Matematyczne podstawy metod hodowlanych 2. Wartość cechy ilościowej i definicje parametrów genetycznych 3. Metody szacowania parametrów genetycznych 4. Wartość hodowlana cechy ilościowej (ocena wartości hodowlanej na podstawie różnych źródeł informacji, porównanie ich dokładności) 5. Indeks selekcyjny (łączenie źródeł informacji o wartości hodowlanej) 6. Eliminacja wpływów środowiska w ocenie wartości hodowlanej (metody równoczesnego porównania, metoda BLUP metoda BLU ) 7. Selekcja i postęp hodowlany Eliminacja wpływów środowiska w ocenie wartości hodowlanej Ocena buhaja na podstawie wydajności córek z różnych stad ijk j i ijk e s h y P bY G ˆ Model: Ocena: a n n b 2 2 2 4 h h a W każdym modelu jest zawsze efektem stałym, e – zawsze efektem losowym. Pozostałe ( h , s ) możemy uznać za stałe lub losowe; mówimy wtedy o całym modelu, że jest stały lub losowy. efekt stały – jaki jest wpływ konkretnych stad efekt losowy – jaki jest ogólnie wpływ ojcowski EFEKTY MODELU Przykład: jak zrobić drinki z kroplą tabasco? Jaki jest „efekt” tabasco w naszych drinkach? Sposób 1: Rozlewamy butelkę 0,5l do 5 szklanek i do każdej dodajemy 1 kroplę tabasco Sposób 2: Do butelki 0,5l wpuszczamy 5 kropli tabasco, mieszamy i rozlewamy do 5 szklanek. STAŁY LOSOWY MODEL MIESZANY W OCENIE WARTOśCI HODOWLANEJ W modelach związanych z oceną wartości hodowlanej, np.: ijk j i ijk e s h y efekty stad czy grup w modelu to efekty stałe oceniane wartości hodowlane to efekty losowe Jest to tzw. model mieszany Skutek wieloletniego stosowania metod CC Trafny wybór na ojców Potomstwo lepsze genetycznie Dokładna ocena buhajów Z roku na na rok rośnie średnia wartość hodowlana populacji – pojawia się trend genetyczny Trzeba dopasować model Populacja dzieli się na stada i istnieje trend genetyczny Populacja dzieli się na stada ijk j i ijk e s h y ijkl jk j i ijkl e s a h y a j – efekt roku urodzenia buhaja Dodatkowy efekt genetyczny w modelu ijkl jk j i ijkl e s a h y efekt a j oznacza średnią wartość hodowlaną buhajów urodzonych w roku j . Jest to dodatkowy (oprócz efektu
(…)
…
METODA BLUP – MACIERZ SPOKREWNIEŃ
Macierz spokrewnień A:
macierz symetryczna
jej elementy aij to współczynniki pokrewieństwa
jej elementy diagonalne ajj są równe 1 + wsp. inbredu
jeśli rodzice osobnika j nie są spokrewnieni to ajj = 1
Przykłady prostych macierzy spokrewnień dla trzech osobników:
1 0,5 0,5
A1 0,5 1 0,5
0,5 0,5 1
0,25 0,25
1
A 2 0,25
1
0,25
0,25 0,25…
…
cov( g i g j )
gi g j
cov( g i g j )
2
g
Zatem: elementy macierzy spokrewnień to ilorazy kowariancji i
wariancji genetycznych, np.
1
cov g12
A
2
g
cov g13
2
g
cov g 21
2
g
1
cov g 23
2
g
cov g 31
2
g
cov g 32
2
g
1
METODA BLUP – MACIERZ KOWARIANCJI
Jeśli pomnożymy macierz spokrewnień przez wariancję genetyczną
otrzymamy macierz kowariancji ocenianych…
… mieszanego, Mixed
Model Eguations, MME):
ˆ
X' Z
X' X
a X' y
Z' X Z' Z σ 2G 1 g Z' y
e
ˆ
gdzie macierz G to macierz kowariancji dla elementów wektora g.
MACIERZ KOWARIANCJI
Przypomnijmy sobie:
1
cov g12
2
A g
2
g
cov g13
2
g
cov g 21
2
g
1
cov g 23
2
g
cov g 31
2
g
2
g
cov g 32 2
g cov g12
2
g
cov g13
1
2
G…
… MIESZANE W METODZIE BLUP
Model ojcowski (Sire Model, SM)
yijk hi s j eijk
yijkl hi a j s jk eijkl
Model osobniczy (Animal Model, AM)
yij hi g j eij
(zapis uproszczony)
gdzie gj – efekt genetyczny ocenianego osobnika
yij – jego wydajność (obserwacja),
eij – efekt specyficzny dla tej obserwacji,hi – efekt stada.
Są to modele mieszane: przyjmuje się, że hi i aj są efektami…
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)