To tylko jedna z 4 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
Wykład VI
Kwasy nukleinowe - liniowe polimery
Składa się z 2'-deoksyrybonukleotydów Purynowe A, G, pirymidynowe C, Zasada + cukier = nukleozydy (adenozyna, guanozyna, cytydyna, tymidyna
Dołączamy fosforan w pozycji 5' - nukleotyd
Kwas 2'-deoksyryboguanylowy
Kwas 2'-deoksyryboadenylowy
- cytydylowy, - tymidylowy
Zasada pirymidynowa przez N1., purynowa przez N9. połączona jest wiązaniem N-glikozydowym z cukrem z C1'. Cukier w DNA to 2'-deoksy-β-D-ryboza (rybofuranoza). 4 atomy C i tlen O4'.
Β, D - oznaczenia wynikające ze stereoizomerii. C1' i C4' to węgle asymetryczne, mają 4 różne podstawniki, cząsteczka nie pokrywa się ze swoim odbiciem, ma 4 różne diastereoizomery (izomery optyczne).
Stereoizomery L i α nie pojawiają się w DNA, bo enzymy są specyficzne do form izomerycznych. Diastereoizomery skręcają płaszczyznę światła spolaryzowanego liniowo w dwóch przeciwnych kierunkach. Włączając nukleotyd do łańcucha tworzymy wiązanie fosfodiestrowe między C3', a C5', powstaje ukierunkowana nić. Wyróżniony kierunek od 5' do 3'. Sekwencja nukleotydów w tym kierunku - struktura I rzędowa łańcucha kwasu nukleinowego.
Tworzy się łańcuch fosfocukrowy, który nadaje kwasom nukleinowym własności kwaśne. Grupa OH w reszcie fosforanowej w warunkach fizjologicznych jest deprotonowana, występuje tlen z ładunkiem ujemnym. pK protonacji (pH, dla którego 50% tlenów jest obsadzonych protonem) wynosi 1-2. Swobodne nukleotydy mogą się dodatkowo deprotonować, bo mają dwie grupy OH. pK dla drugiej grupy wynosi ok. 6,5 - 7,5.
W roztworze nukleotydy będą więc miały deprotonowaną jedną grupę OH, a druga będzie zostawała w równowadze formy uprotonowanej i deprotonowanej. Pojawienie się ładunku ujemnego powoduje, że jest on równoważony przez kation, który może być jednowartościowy K+, Na+ lub dwuwartościowy Mg+.
Kwasy nukleinowe absorbują promieniowanie elektromagnetyczne w zakresie bliskiego ultrafioletu (180-300nm). Chromoforami (część cząsteczki, która oddziałuje z promieniowaniem elektromagnetycznym, w wyniku czego powstaje wzbudzenie elektronu) są zasady azotowe. Tak więc do badania kwasów nukl często wykorzystywane są metody spektroskopii absorpcyjnej. Widmo: na jednej osi długość fali, na drugiej molowy współczynnik ekstynkcji (intensywność promieniowania zaabsorbowanego przypadający na jednostkowe stężenie molowe i na długość drogi optycznej - zwykle 1cm). Widma poszczególnych nukleotydów składają się na jednen obraz widmowy całego fragmentu oligonukleotydowego, zależnie od składu będzie się nieco różniło. Ale generalnie podobny przebieg widma z maksimum absorpcji ok. 260 nm.
(…)
… cecha: płaska struktura. Należy zwrócić uwagę na układ protonów i wiązań podwójnych. Adenozyna i cytydyna mają w pozycji C4 grupy aminowe NH2, podobnie jak guanozyna w pozycji C2. Takie ustawienie grup protonów i wiązań podwójnych, które nazywa się tautomerią sprawia, że dominującymi tautomeriami stają się tautomery typu amino dla tych trzech zasad. Jeśli popatrzymy na protony i na grupy związane…
… w postaci wielu różnych konformerów wynikających z obrotu wokół wiązań pojedynczych. Jest strukturą giętką konformacyjnie - w roztworze w normalnych temperaturach mamy równowagę dynamiczną różnych konformerów i zależnie od ich energii różny jest procentowy udział. Oznaczenia konformerów dokonuje się na podstawie reguł ustalonych przez komisję nomenklaturową. Rzut Limanowa X ---- C --- C ----X (X-podstawnik…
…; dawne gauche). Oddziaływanie +sp i -sp i anti są najkorzystniejsze energetycznie. Możliwości występowania różnych konformacji nukleotydów:
I Zasada może być różnie ustawiona ze względu na obrót wokół wiązania glikozydowego; kąt χ (hi) definiuje się przez atomy O4', C1', N1 lub N9 (zależy czy to puryna czy pirymidyna) i C4 lub C2. Przyjmuje się, że możliwe są 2 ustawienia zasady:
syn - kiedy pierścień leży nad płaszczyzną cukru anti - obrót o 180 st
Kąt χ od -90 st do +90 st - mówimy o konformacji syn; poza tym anti
W roztworze zachowana równowaga dynamiczna. Obie formy występują. II Konformacja pierścienia cukrowego. Nie jest płaski; może być w formie kopertowej E (envelope), gdy jeden atom jest wychylony z płaszczyzny pozostałych czterech; lub w formie listowej T, gdy dwa atomy są wychylone…
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)