Izomerazy- prezzentacja

5.-.-.-. Izomerazy
- zmieniają układ atomów w cząsteczce (nie dodają żadnych atomów, ani
nie odrywają, jedynie zmieniają ich ułożenie)
- przenoszą w obrębie cząsteczki pojedyncze atomy lub całe ich grupy
5.1.-.-. Racemazy i epimerazy – zmieniają położenie podstawników przy
atomie węgla decydującym o przynależności do szeregu D lub L
5.2.-.-. Izomerazy (np. trans-cis)
5.3.-.-. Oksydoreduktazy wewnątrzcząsteczkowe (przenoszą atomy wodoru
na tlen – substratami mogą być aldozy i ketozy)
5.4.-.-. Transferazy (mutazy) wewnątrzcząsteczkowe (zmieniają położenie
reszty fosforanowej)
5.5.-.-. Liazy katalizują reakcje w których grupa jest odłączana z jednej
części związku chemicznego z utworzeniem wiązania podwójnego i
przyłączeniem tej grupy w innej części związku chemicznego.
5.99.-.-. Inne izomerazy (np. topoizomerazy)
5.1.-.- Racemazy i epimerazy
5.1.1.-. działają na aminokwasy i ich pochodne
5.1.2.-. działają na hydroksykwasy i ich pochodne
5.1.3.-. działają na węglowodory i ich pochodne
5.1.99.-. działają na inne związki
5.1.1.1 racemaza alaniny.
5.1.1.2 racemaza metioniny.
5.1.1.3 racemaza glutaminy.
5.1.1.4 racemaza proliny.
5.1.1.5 racemaza lizyny.
5.1.1.6 racemaza treoniny.
5.1.1.8 epimeraza 4-hydroksyproliny.
5.1.1.9 racemaza argininy.
5.1.1.10 racemaza aminokwasów.
5.1.1.11 racemaza fenyloalaniny (hydrolizująca ATP).
5.1.1.12 racemaza ornityny.
5.1.1.13 racemaza asparaginy.
Enzymy należące do grupy racemaz występują powszechnie u bakterii.
Przykładem może być racemaza alaniny (EC 5.1.1.1), czy racemaza glutaminianu
(EC 5.1.1.3), służące generacji D-aminokwasów – substratów do syntezy
peptydoglikanu
biopolimer kwasu mureinowego i N-acetyloglukozaminy oraz tetrapeptyd:
L-alanina, kwas D-glutaminowy, kwas mezodwuaminopimelinowy i D-alanina
mechanizm działania racemaz aminokwasów
- deprotonacja alfa węgla
- przyłączenie protonu z przeciwnej strony
- może brać udział jedna grupa zasadowa enzymu, lub
dwie
Jako biokatalizatory - przyspieszają reakcję izomeryzacji obydwu enancjomerów,
ale nie wpływają na równowagę reakcji – produktem jest mieszanina racemiczna
niektóre enzymy - racemaza alaniny - zawierają fosforan
pirydoksalu jako kofaktor umożliwiający deprotonację na węglu alfa
poprzez wiązanie iminowe z aminokwasem, proton na węglu alfa
staje się bardziej kwaśny co ułatwia jego odłączenie od węgla alfa
5.1.1.11. racemaza fenyloalaniny
ATP
L-fenyloalanina
AMP + PP
D-Fenyloalanina
-występuje u Gram-dodatniej bakterii Bacillus brevis, syntetyzującej
Gramicydynę S
- znajduje się w kompleksie syntazy gramicydyny, enzym ten katalizuje syntezę
gramicydyny – polipeptydu, niezależnie od rybosomalnej syntezy białka
-sprzęga reakcję L-Phe
D-Phe z korzystną energetycznie hydrolizą ATP do AMP
i PPi. Dzięki temu, podczas reakcji uprzywilejowane jest tworzenie
D-fenyloalaniny; stosunek stężeń powstających izomerów L i D wynosi około 3:7.
Gramicydyna to antybiotyk peptydowy działający na bakterie Gram-dodatnie. Z
uwagi na dużą toksyczność ... zobacz całą notatkę