To tylko jedna z 2 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
Struktura Z DNA Odkryto w efekcie doświadczeń, które polegały na tym, że do syntetycznego plazmidu wprowadzono sztucznie syntetyzowany liniowy odcinek DNA, który miał sekwencję: GCGCGCGC… druga nić: CGCGCGCG… i tak 100 pz.
Konstrukt wprowadzono do komórki E.coli metodą transformacji, z powstałych kolonii wyizolowano plazmidowe DNA. Efekt: DNA macierzystego plazmidu było rodzaju B DNA, czyli było prawoskrętne, a ten syntetyczny fragment był lewoskrętny. W strukturze Z DNA nie widać dużej bruzdy, tylko mała, na jej obwodzie atomy fosforu tworzą charakterystyczny zygzak Na jeden skręt heliakalny przypada 12 par zasad.
Sekwencję o powtarzającym się GTGTGTGT… Generuje lewoskrętność podobnie jak CACACACA…
Wklonowanie naturalnych sekwencji gdzie naprzemiennie występuje puryna- pirymidyna- puryna… też powoduje lewoskrętność.
(GC)n najłatwiej zachodzi generowanie lewoskrętności
(GT)n nieco trudniej
(CA)n najtrudniej- konieczny jest największy nakład energetyczny.
Żeby z formy B zrobić formę Z musi nastąpić tranzycja. Potrzebny jest nakład energii pochodzący z superskrętu DNA. Żeby 10 pz zmienić na lewoskrętne potrzebna jest energia z 2 superskręceń. Mniej superskrętów jest faworyzowane z punktu widzenia termodynamiki, gdyż jest mniejsze napięcie.
W drugiej formie tylko 10 par zasad jest lewoskrętne reszta pozostała prawoskrętna. Między odcinkiem prawo- i lewoskrętnym musi istnieć jednoniciowy odcinek DNA. Możemy wykryć to nukleazami np. S1 i P1, które rozpoznają i w sposób specyficzny tną tylko jednoniciowe DNA. Struktura Z istnieje w żywych komórkach in vivo, pociąga to za sobą jednak pewne konsekwencje biologiczne:
Wpływa na zmiany w ekspresji genów, regulacje częściej negatywne niż pozytywne
U ludzi nowotworzenie, choroby genetyczne- podatniejsze na działanie mutagenów, łatwiej rekombinuje.
Inne struktury związane z obecnością w DNA sekwencji symetrycznych:
1) odwrócone powtórzenie (palindromy)
2) powtórzenia lustrzane
3) proste powtórzenia
Odwrócone powtórzenia:
5' GGAATCGATCTT AAGATCGATTCC 3'
3' CCTTAGCTAGAA TTCTAGCTAACG 5'
Komplementarne są tu nie tylko obie nici, ale również obserwujemy komplementarność w obrębie jednej nici DNA w obrębie odwróconego powtórzenia- palindromy.
Powtórzeniae odwrócone są rozpoznawane przez endonukleazy restrykcyjne. Mają zdolność do tworzenia struktur krzyżowych.
W środku symetrii zostaje zaangażowanych 10 par zasad, następuje miejscowe rozplecenie 2-niciowej cząsteczki DNA w środku symetrii, następuje parowanie zasad w obrębie pojedynczych nici w obrębie nukleotydów tworzących powtórzenia odwrócone, proces jest kontynuowany w procesie wypychania do momentu, kiedy połączą się wszystkie komplementarne zasady na jednej nici, ramiona się powiększają, powstaje struktura spinki do włosów, na biegunach ramion (na zakończeniach struktury krzyżowej) zasady są niesparowane- występuje pojedyncza nić DNA.
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)