To tylko jedna z 25 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
Fizjologia ilościowa
dr hab. Krystian Kubica
Plan wykładów
O modelowaniu
Dializa – prosty model
Krew – bufor
Układ krążenia
Wymiana gazów w pęcherzykach płucnych
Termoregulacja
Homeostaza cholesterolu
Modelowanie układu nerwowego
Obserwacje przyrody – próby
prognozowania
Badanie rzeczywistości:
Bezpośrednie
Pośrednie za pomocą modeli
Niepełna wiedza
Badania rzeczywistości poprzez doświadczenia
Odkrywanie praw przyrody
Mechanicyzm (XVI –XVIIw.)
Redukcjonizm
Wiedza przyrodnicza daje się zredukować do poziomu
nauki bardziej podstawowej?
chemia jest szczególnym przypadkiem fizyki, biologia
chemii ?
sposób organizacji złożonych układów biologicznych
nie wynika jedynie z własności ich części składowych
Synteza związków organicznych (laboratorium –
organizm?)
Mechanicyzm [gr. mēchan ‘przyrząd’], stanowisko w filozofii i
nauce wyjaśniające zjawiska i procesy zachodzące w przyrodzie za
pomocą pojęć i praw mechaniki; panował zwł. XVI–XVII w., gł. w
przyrodoznawstwie (Galileusz, I. Newton) i w filozofii (Th. Hobbes,
J.O. de La Mettrie).
Dynamika molekularna
M. Tarek, Biophys. J. 88 (2005)
Badanie rzeczywistości za pomocą
modeli
Model?
Struktura podobna do badanego
systemu
Co znaczy podobna?
Podobieństwo informacyjne
Podobieństwo strukturalne
Modelowanie?
Tworzenie modelu abstrakcyjnego lub
fizycznego badanego systemu
Badanie modelu – szukanie informacji
o modelowanym systemie
Wybór stopnia szczegółowości modelu
Modelowanie w XX w.
Volter -1928r. Współistnienie gatunków
Van der Pol – 1930r. model serca oparty na oscylatorach
relaksacyjnych
Turing – lata 50 – reakcje oscylacyjne
Monod, Novick, Szilard (lata 40-50) modele
mikrobiologiczne
Lata 60 – regulacja procesów wewnątrzkomórkowych
Próby modelowania morfogenezy?
Program Genom
genomika
3x109 par zasad
Proteomika (2002 John Ok. 20000
Fenn, Kurt Wuthrich,
typów białek
Kordi Tanaka)
w komórce
Program Morfem
Program Physiome International Union of Physiological
Sciences (IUPS) (1993)
Virtual Physiological Human (VPH) (2005)
Entelos (astma,otyłość, HIV)
Kardiom (wirtualne serce)
LYMFASIM, a simulation program for modelling
lymphatic filariasis and its control (Erasmus University
Netherlands,
simBio, a simulator for biological systems such as
cardiac cells, epithelial cells and pancreatic β cells
(Kyoto University Graduate School of Medicine),
Virtual Soldier Research, a simulator of human’s
interaction with new equipment in order to minimize the
multiple physical prototypes testing (University of Iowa)
Wirtualna komórka
http://www.e-cell.org
http://www.copasi.org
http://www.vcell.org
Mycoplasma genitalium wzorzec minimum info
genetycznej 582970 par zasad
- 521 genów (482 rodzajów białek)
Czym charakteryzuje się dobry
model?
Cechy modelu
Uproszczenia
Obszar zastosowań
przewidywanie
Estymacja parametrów modeli
Brak danych doświadczalnych?
Ilość parametrów i ilość stopni swobody?
Teoretyczny model błony lipidowej
M
J0
H
Inm (rnm )Lni Lmj (A n E n
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)