Niedomknięte bilanse: deponowanie materii organicznej

Procesy dekompozycji materii organicznej są znacznie gorzej poznane niż produkcja biomasy, zarówno w ekosystemach wodnych, jak i lądowych. Tajemnicą przyrody jest wciąż los produktów częściowego rozkładu związków organicznych: czy, jak i kiedy dochodzi do zupełnej mineralizacji humusu? Znaczna część martwej materii organicznej pozostaje nie rozłożona. Obfite złoża torfu czy podwodnych sapropeli w dalszej fosylizacji przekształcają się w różne postacie węgla brunatnego. Znaczną część tych złóż stanowią przekształcone związki humusowe. Następnie powstaje z nich węgiel kamienny.

Ropa naftowa jest mieszaniną różnych węglowodorów i innych domieszek organicznych. Zawiera co najmniej kilkaset różnych związków, w proporcjach zależnych od odmiany ropy i wieku pokładu. Jej złoża są bardzo nierównomiernie rozmieszczone na świecie. Mimo niesłychanego zainteresowania tym bogactwem naturalnym jego pochodzenia dotąd nie wyjaśniono w sposób niewątpliwy. Dwie konkurencyjne grupy teorii przypisują ropie naftowej bądź to organiczne, bądź mineralne pochodzenie. Te pierwsze znajdują zdecydowanie więcej zwolenników. Według nich prekursorem ropy naftowej są sapropele, które zostały poddane wysokiej temperaturze i ciśnieniu. Zaproponowano wiele hipotez, tłumaczących, w jaki sposób sapropele mogły znaleźć się w takich warunkach. Jedna z nich mówi o wciągnięciu osadów dennych w głąb litosfery w procesie subdukcji tektonicznej.