To tylko jedna z 5 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
Wykład VIII
Zniszczenie struktury II rzędowej helisy jest odwracalne.
Topienie helis - rozrywanie się helis na pojedyncze nici i powrót do stanu helikalnego. Odbywa się w wąskim zakresie temperatur. Najpowszechniej stosowaną metodą śledzenie procesu topienia jest absorpcja światła UV.
Jeżeli popatrzymy na ekstynkcję molową, czyli absorpcję odniesioną do stężenia molowego, to jest ona różna jeśli kwas tworzy strukturę heliakalną lub nie. Dla struktury heliakalnej absorpcja jest niższa niż dla dwóch niezależnych nici. To zjawisko nazywa się hypochromazją. Zmieniając więc stabilność przez zmianę temp i śledząc zależność ekstynkcji molowej absorpcji od temp otrzymujemy określoną krzywą topnienia, gdzie w poszczególnych punktach inny jest stosunek procentowy struktury helikalnej i wolnych nici. Temp dla punktu przegięcia krzywej - temp topnienia helisy. Jeżeli helisy są w miarę krótkie z równomiernie ułożoną sekwencją zasad, mamy do czynienia z przejściem „wszystko albo nic”, bez etapów pośrednich, albo helisa albo dwie niezależne nici. Temp topnienia charakteryzuje stabilność helisy. Na podstawie tej temp można wyznaczyć wszystkie parametry termodynamiczne charakteryzujące helisę: entalpię, entropię, itd. Temp zależy od stężenia soli. Im wyższe stężenie soli, tym wyższa temp topnienia. pH podobnie wpływa na struktury heliakalne i sekwencja zasad; wiadomo że temp topnienia jest mniej więcej liniową funkcją procentowej zawartości par GC. W miarę wzrostu ilości par GC, wzrasta temp topnienia. Śledzenie topnienia może też odbywać się przy zastosowaniu typowych metod kalorymetrycznych: - do układu dostarczamy ciepło i obserwujemy jak to ciepło jest absorbowane w wyniku przejścia tzw. fazowego. - różniczkowa kalorymetria przemiatania DSC - mierzy się zależność pojemności cieplnej układu od temp.
Proces topnienia jest procesem kooperatywnym. Kooperatywność - utworzenie pewnego fragmentu helikalnego sprzyja tworzeniu dalszej części sekwencji. To samo dotyczy rozrywania.
Miarą kooperatywności tego procesu jest rozmycie profilu topnienia. Jeśli proces jest silnie kooperatywny, to topnienie odbywa się w bardzo wąskim przedziale temperatur, z dobrze zdefiniowaną temperaturą topnienia, wtedy mamy „wszystko albo nic”, w całym obszarze jednocześnie zachodzi błyskawiczne rozchodzenie się obu nici, bądź schodzenie. W przypadku mniejszej kooperatywności obszary mniej stabilne (bardziej bogate w pary AT) będą topniały wcześniej, a pary bardziej stabilne później. Wpłynie to na rozmycie topnienia. Temperatura topnienia nie będzie jedną wartością, tylko ciągłym rozkładem temp w pewnym zakresie lub kilka wyraźnych temp topnienia. Można też podać średnie długości odcinków, które topią się jednocześnie. Podobnie jak topnienie, zmiana warunków środowiska może powodować przechodzenie z jednych typów helis w inne, a także w inne typy struktur II rzędowych poza helikalnymi.
(…)
…. Dodatkowo przy każdej czwórce pomiędzy wiązaniami Hooksina może znajdować się dodatkowy jon stabilizujący K+ Na+. Podatne na takie sekwencje są telomery, czyli niesparowane końce chromosomu.
Pętla
Może powstać przy osłabieniu struktury, np. przez wystąpienie niekomplementarnych para zasad (miss match) lub przy naprzemiennym występowaniu T i A. Pętla wewnętrzna - wybrzuszenie jednej nici, zasady wychodzą…
… jednej nici w stosunku do drugiej. Wszystkie funkcjonalne DNA w chromosomach nają ujemną suprskrętność. Nie ma tam wprawdzie jak w plazmidach kowalencyjnego połączenia końców, ale fragmenty DNA są trzymane przez histony; po nawinięciu mamy spiralę unieruchomioną na końcach i takie DNA wykazuje superskrętność. To ile razy jedna nić owija się wokół drugiej nici jest pewną własnością topologiczną DNA…
…. Natywne DNA ma ujemną superskrętność od 0,03 do 0,09. Stwarza to pewne problemy w interpretacji replikacji DNA, czy jeśli w jednym miejscu rozcinamy, to w innym powstają superskręty. Okazuje się, że istnieją enzymy regulujące ilość superskrętów, tzw. topoizomerazy. Przejściowo rozcinają jedną nić i mogą zmieniać topologiczną ilość skrętów L. Topoizomerazy I tną tylko jedną nić, a topoizomerazy II…
… heliakalne tworzą jedną pseduciąhłą helisę. To sięnazywa złącze dwóch helis (na zasadzie pseudociągłej helisy).
Oddziaływania trzymające tą strukturę III rzędową są:
- interkalacyjny staking
- nietypowe wiązania wodorowe
Cytozyna 13 wchodzi pomiędzy już zestakingowaną parę zasad ósmą U i dziewiątą A. Jeżeli dodatkowy pierścień wchodzi pomiędzy już zestakingowane 2 pierścienie, to nazywamy stakingiem…
…. DNA tworzy funkcjonalne struktury w połączeniu z białkami (poza wirusami i plazmidami). Dla eukariontów - chromosom w jądrze kom. RNA funkcjonuje samoistnie i bardziej przypomina struktury charakterystyczne dla białka globularne. DNA jest mniej różnorodny, ale ma mniej różnorodne funkcje. Nić DNA nawinięta na białka histonowe - tworzy nukleonom. Długość DNA na jednym histonie - ok. 146, 147 bp…
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)