To tylko jedna z 10 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
METODY
Wyznaczania mas cząsteczkowych i separacji cząsteczek na podstawie różnicy mas:
ultrawirowanie
elektroworeza żelowa i kapilarna
spektrometria masowa
Wyznaczanie struktur przestrzennych z dużą rozdzielczością:
dyfrakcja promieniowania rentgenowskiego (rentgenografia)
magnetyczny rezonans jądrowy (NMR)
Określania kształtu makrocząsteczek:
mikroskopia sił atomowych - AFM
Badanie dynamiki ruchów molekularnych:
NMR
Fluorescencja
Komputerowe symulacje dynamiki molekularnej ULTRAWIROWANIE
zakłada silne oprzyrządowanie
pozwala obliczyć masę wykorzystywane do separacji mieszanin cząsteczek ze względu na różnicę mas
pozwala szacować masy cząsteczkowe dla struktur o niewielkiej masie - białka, struktury subkomórkowe, komórki bakteryjne
w probówce wirowniczej nakłada się roztwór naszych cząsteczek i prowadzi wirowanie z dużą częstością w odpowiednim rotorze--. Szybkość wirowania do kilkudziesięciu obrotów na minutę
pole siły odśrodkowej , które mamy w rotorze jest nieodróżnialne dla pola grawitacyjnego na cząsteczki wirowane w naszym rotorze działa siła odśrodkowa działa ona w polu grawitacyjnym wytwarzanym przez obrót
na cząstki działa siła wyporu - Archimedesa
ustala się równowaga 3 sił: - odśrodkowej - związanej z wirowaniem- działa w ukłądzie obracającego się rotora i powoduje ruch cząsteczek od miejsca bliższego osi obrotu na zewnątrz
siła wyporu oraz siła tarcia - cząsteczki poruszają się w roztworze
w wyniku zrównowarzenia tych 3 sił, cząsteczki poruszają się od osi rotora na zewnątrz ze stałą prędkością. zależy od odległości od osi obrotu i od szybkości rotowania współczynnik sedymentacji - wielkość charakteryzująca szybkość sedymentacji cząsteczek niezależnie od czynników technicznych wsp. Sedymentacji = s - prędkość poruszania się cząsteczek/ kwadrat.częstości obrotu * odległość probówki od osi obrotu. Jest to wielkość uniwersalna dla danego typu cząsteczek. 1 s (Svedberg) = 10 do minus 13 sekundy
masa i współczynnik sedymentacji - wiążą się ze sobą w sposób liniowy
uniwersalność ultrawirowania polega na tym, że zarówno współczynniki sedymentacji jak i masy cząsteczkowe są liniowo proporcjonalne ( wyrażane w jednostkach mas atomowych, a wiec ile razy masa danej cząsteczki jest większa od 1/12 masy atomu węgla. Jednostka masy atomowej = 1Da dalton)
poruszające się w probówce cząsteczki dają przesuwający się profil o zmiennym stężeniu
(…)
… rozkład stężeń w probówce - pomiary absorpcji - uzyskanie stężeń w różnych miejscach probówki
mierzy się intensywność światła zaabsorbowanego przez badany związek i obowiązuje tu prawo Lamberta Bera
zmiany profilu stężenia są przekładane na współczynnik sedymentacji dostajemy wsp. Sedymentacji
masę cząsteczkową wyznaczamy - musimy znać współczynnik dyfuzji też z tego eksperymentu
szerokość współczynnika…
… białka.
MD - dynamika molekularna
technika komputerowa do badania ruchów molekularnych Na pole siłowe składaja się; oddziaływania kowalencyjne, kulombowskie i Van der Valsa
Mając siły rozwiązujemy na komputerze równanie Newtona wprowadzając położenia początkowe atomów, potrncjał i metodami numerycznymi znajdujemy położenia i prędkości atomów
Możemy śledzić jak zmieniają się położenia atomów w czasie
…
… potomna wzbogacona azotem N15
ELEKTROFOREZA
kapilarna i żelowa, żelowa częściej
jeśli mamy cząsteczki naładowane, przygotowujemy tzw. Żel - roztwór polimeru biologicznego - poliakrylamid
żel umieszcza się w aparacie elektroforetycznym i między końcami przykładamy różnicę potencjałów zwykle 200 V
naładowane cząsteczki będą migrować i poruszać się na żelu
szybkość poruszania się cząsteczek…
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)