To tylko jedna z 9 stron tej notatki. Zaloguj się aby zobaczyć ten dokument.
Zobacz
całą notatkę
Podstawy_bioinformatyki Dwiczenie I Bazy danych - Genbank Celem ćwiczenia będzie zapoznanie się z zasobami oraz podstawowymi narzędziami bazy danych NCBI (National Center for Biotechnology Information) Podstawowe informacje na temat bazy NCBI można zdobyć zapoznając się z dostępnymi tutorialami: NCBI_tutorials Wyszukiwanie i pozyskiwanie sekwencji z Genbanku. Wejdź na stronę główną NCBI i przeszukaj wszystkie bazy danych pod kątem sekwencji dehydrogenazy NADH 2 – ND2 Jako wynik wyświetlone zostało zestawienie poszukiwanej sekwencji w poszczególnych bazach danych. Na podstawie powyższych wyników możemy odpowiedzied na pewne podstawowe pytania dotyczące genu ND2: - jak wiele artykułów traktujących o ND2 zostało znalezionych ? -jak wiele sekwencji ND2 można znaleźd dla ssaków, ptaków a jak wiele dla np. nietoperzy ? Przejdźmy do bazy nucleotide. Można tu znaleźd więcej informacji o samym genie ND2 - jak wiele sekwencji ND2 człowieka znajduje się w bazie a jak wiele dla wilka/psa ? Z tego miejsca łatwo możemy przejśd do bazy danych Gene. Wyszukamy w tej bazie danych sekwencje ND2 dla gatunku Lepus europaeus. - jaka jest przynależnośd taksonomiczna L. europaeus ? W sekcji „mRNA and Protein(s)” na stronie sekwencji ND2 wybierz dostępną tam sekwencję białkową - NP_659326.1. Wybierz wyświetlanie sekwencji w formacie FASTA. Uruchom Blasta – i włącz wyszukiwanie białkowych sekwencji homologicznych. - jak wiele rekordów dotyczących psa domowego a jak wiele wilka zostało zwróconych ? - jak wiele wyników zostało znalezionych u nietoperzy ? Wybierz 20 pierwszych sekwencji homologicznych – należy je zaznaczyd i kliknąd „get selected sequences” – zmieniamy sposób wyświetlania sekwencji na Fasta i zapisujemy jako plik tekstowy poprzez komendę – send to - text. Zaznacz otrzymane sekwencję, skopiuj je i wklej do przygotowanego wcześniej pliku. Można będzie ich użyd do przyrównania oraz stworzenia drzewa.
... zobacz całą notatkę
Komentarze użytkowników (0)