Techniki przepływu genów - wykład 7: Filogeografia

Nasza ocena:

5
Pobrań: 182
Wyświetleń: 1148
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Techniki przepływu genów - wykład 7: Filogeografia - strona 1 Techniki przepływu genów - wykład 7: Filogeografia - strona 2 Techniki przepływu genów - wykład 7: Filogeografia - strona 3

Fragment notatki:


Filogeografia    1. Co to jest filogeografia?    2. Korzyści płynące z poznania filogeografii  – Np. poznanie struktury genetycznej populacji    3. Jak to realizujemy ?  – Metody historyczne i współczesne  Co to jest filogeografia ?    “Dział nauki zajmujący się założeniami oraz procesami  rządzącymi rozmieszczeniem geograficznym linii  genealogicznych, szczególnie dotyczący linii wśród i  między blisko spokrewnionymi gatunkami”    Avise 2000      FILOGENETYKA + BIOGEOGRAFIA  Avise 2000  Pokolenia  genów  umiejscowione  w czasie i  przestrzeni.  Cel :  zrozumienie  czynników wpływających  na uformowanie się  populacji w określoną  strukturę genetyczną.    Badamy alternatywne  scenariusze, które dotyczą  różnych wzorców specjacji  prowadzących do danej  struktury.  Powiązania historyczne oraz współczesne czynniki  kształtujące przepływ genów wpływają na strukturę  przestrzenną populacji oraz zmienność genetyczną w jej  obrębie  Podobieństwo wynikające z przepływu genów        Podobieństwo wynikające ze wspólnego pochodzenia    Czynniki determinujące strukturę  genetyczną  Zrozumienie struktury  genetycznej  • Podejście tradycyjne:  –  Wewnątrz gatunków , przyczyną  podobieństwa jest przepływ genów.  •  Warunek : gdy szacujemy Nm, zakładamy  równowagę między dryfem genetycznym a  przepływem genów.  –  Pomiędzy gatunkami, tutaj przyczyną  podobieństwa jest wspólne  pochodzenie .  •  Warunek : kladystycy zakładają brak  sieciowości w ewolucji.        Co to jest sieciowość ?  Granice międzygatunkowe u roślin są często rozmyte – dość  często można u nich spotkać introgresję oraz hybrydyzację  międzygatunkową.      Populacje tworzą linie usieciowione - sieci    “Metody filogeograficzne  zapewniają możliwość zrozumienia  historii przepływu genów pomiędzy populacjami, oraz rozróżnienia  biogeograficznych wzorców zmienności genetycznej  spowodowanych przez przepływ genów od tych spowodowanych  wspólnym pochodzeniem” - Schaal 1998    Mamy możliwość wyodrębnienia współczesnych procesów  wymiany genetycznej od pokrewieństwa historycznego  Zrozumienie struktury  genetycznej  Filogeografia bazuje na podstawowych założeniach genetyki  populacji oraz filogenetyki. .    Jednakże…    1)  Nie zakłada istnienia równowago między dryftem a  przepływem genów    2)  Nie zakłada liniowego procesu ewolucji – braku sieciowości    Bazując na użyciu sekwencji, pochodzących z 

(…)

… kladów zagnieżdżonych (NCA – ang. Nested
Clade Analysis)
… jest to metoda (bazująca na koalescencji)
wnioskowania statystycznego o filogeografii, która testuje
hipotezę o powiązaniu kladów (gałęzi) drzewa
haplotypów z informacjami o ich pochodzeniu (m. in.
geograficznym)….
(Templeton, 2010)
Analiza kladów zagnieżdżonych (NCA):
1.Tworzymy drzewo haplotypów
2.Testujemy czy istnieje związek między
„zagnieżdżonymi kladami/haplotypami” a położeniem
geograficznym
3.Staramy się wysnuć wnioski na temat najbardziej
prawdopodobnego wyjaśnienia:
• Fragmentacja
• Izolacja przez dystans
• Rozszerzenie zasięgu
Wady NCA
- Brak weryfikacji statystycznej: “NCA nie szacuje błędów we
wnioskowaniu dotyczącym procesów historycznych oraz
obecnego przepływu genów” (Knowles and Maddison 2002)
-Tylko dlatego, że jakiś proces…
… kladów zagnieżdżonych (NCA – ang. Nested
Clade Analysis)
… jest to metoda (bazująca na koalescencji)
wnioskowania statystycznego o filogeografii, która testuje
hipotezę o powiązaniu kladów (gałęzi) drzewa
haplotypów z informacjami o ich pochodzeniu (m. in.
geograficznym)….
(Templeton, 2010)
Analiza kladów zagnieżdżonych (NCA):
1.Tworzymy drzewo haplotypów
2.Testujemy czy istnieje związek…

gatunku)
-brak rekombinacji
-możliwa introgresja cpDNA (np. u dębu, słonecznika)
Genomy organellowe są haploidalne – badania oparte na większej liczbie loci
dają lepsze wyniki dotyczące historii populacyjnej gatunków
Jądrowy DNA
-problemy z rekombinacją węwnątrzalleliczną, heterozygotyczność oraz
istnienie rodzin genów
Początki filogeografii
Filogeografia była w istocie opisowa:
Przedstawienie…
... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz