Techniki przepływu genów - wykład 6: Teoria koalescencji

Nasza ocena:

5
Pobrań: 84
Wyświetleń: 2079
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Techniki przepływu genów - wykład 6: Teoria koalescencji - strona 1 Techniki przepływu genów - wykład 6: Teoria koalescencji - strona 2 Techniki przepływu genów - wykład 6: Teoria koalescencji - strona 3

Fragment notatki:


Teoria  koalescencji  Podstawowe założenia genetyki populacji  f 1 f2  f k  Dryf genetyczny  Mutacje  Selekcja  Podstawowe założenia genetyki populacji  n v u v u v p v u v n p ) 1 )( ( ) ( 0        )) ( 1 ( ) ( ) 1 ( ) 1 ( n p v n p u n p      v u v p   ˆ • Mutacje: ograniczona rola w procesie ewolucji ze względu na  powolne działanie, Mutation: limited role in evolution due to its  slow effect,  jednakże bez mutacji nie ma w populacji nowych  alleli !!    Locus z 2 allelami: A 1 (p(n)) and A2 (q(n)=1-p(n))    generacje nie zachodzące na siebie    A 1-A2 z częstością u a A2-A1 z częstością v    (u, v ~10 -5, 10-6)    Allele  mutują z reguły raz na pokolenie        jeśli początkowa frekwencja allelu A1=p(0)    v u u q   ˆ Jako że n-∞  Z czasem ustala   się równowaga  Podstawowe założenia genetyki populacji  • Dryf genetyczny: zmiana frekwencji alleli będąca skutkiem  losowego wyboru gamet z populacji. Wyjątkowo ważne  zjawisko dla małych populacji    W każdym pokoleniu 2N gamet jest losowo przekazywanych z  pokolenia rodzicielskiego    y(n): liczba gamet typu A1,  przy braku mutacji i selekcji prawdopodobieństwo że w  następnym pokoleniu będzie dokładnie  j kopii allelu A1 otrzymujemy z rozkładu  • dwumianowego:    j N j p p j N i n y j n y P             2 ) 1 ( 2 ) ) ( | ) 1 ( ( N i p 2  Model Wrighta-Fishera  Utrata jednego z alleli, gdy jeden z alleli się utrwali zmiany nie będą możliwe,  prawdopodobieństwo utrwalenia się allelu jest równe jego aktualnej częstości  1 1 1 ) 0 | ( ) (      t A f A utrwalenie P Podstawowe założenia genetyki populacji  • Dobór naturalny może weryfikować dostosowanie organizmów  na wielu etapach rozwoju np. zróżnicowana płodność czy  żywotność    Locus z dwoma allelami A 1, A2    Trzy możliwe genotypy: A 1 A1 (w11), A1 A2 (w12), A2A2 (w22)    z dostosowaniem w ij, względna szansa na przetrwanie zygoty o genotypie AiAj    przy założeniu równowagi Hardyego-Weinberga  w w n q w n p n p n p ] ) ( ) ( )[ ( ) 1 ( 12 11    w w n q w n p n q n q ] ) ( ) ( )[ ( ) 1 ( 22 12    22 2 12 11 2

(…)

…) w12  q(n) w22 ]
w
p(n  1)  q(n  1)  1
A1 zostaje utrwalony
A2 zostaje utrwalony
naddominacja, ustabilizowany polimorfizm
poddominacja polimorfizm nieustabilizowany, A1 lub A2
zostaje utrwalony f(0)
Teoria koalescencji
Proces stochastyczny – ciągły w czasie proces Markowa
• Bazuje na modelu Wrighta-Fishera i innych modelach
neutralnych
• Jest to model probabilistyczny dla poszczególnych…
… genealogii, czyli TMRCA
wyniesie
wtedy koalescencje następują w ułamkach
jednostek - koalescencja w czasie ciągłym,
prawdopodobieństwo koalescencji będzie
opisane rozkładem wykładniczym => nie ma
zależności od wielkości populacji
Parametry drzewa koalescencji
1
N
koalescdencja
P(2 linie mają tego samego przodka)
odrębność
1
1
N
Oczekiwany czas do MRCA (wysokość drzewa):
n
2
n
 n
 1
E  T (k )   E[T…
... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz