Genomika i proteomika - wykład 6

Nasza ocena:

5
Pobrań: 42
Wyświetleń: 1260
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Genomika i proteomika - wykład 6 - strona 1 Genomika i proteomika - wykład 6 - strona 2 Genomika i proteomika - wykład 6 - strona 3

Fragment notatki:


                Genomika porównawcza  Analizy genomów:    1) Pojedynczy genom  A) Liczenie genów  B) Klasyfikacja genów  C) Analiza powtórzeń  D) Wykrywanie duplikacji chromosomowych    2) Wiele genomów  A) Syntenia – występowanie genów w tej samej kolejności  u różnych gatunków  B) Podobieństwo sekwencji  C) Porównywanie klasyfikacji genów    Przyrównywanie genomów   Znaczenie alignmentu genomowego:   Identyfikacja miejsc  niepodobnych (mismatch) oraz podobnych (match) w  genomie   Podobieństwa reprezentują sekwencje homologiczne, regiony konserwowane  lub długie powtórzenia   Odmienności mogą być obcymi fragmentami DNA wstawionymi w wyniku  transpozycji, sekwencjami odwróconymi lub wynikiem transferu bocznego  genów   Analiza przyrównania całych genomów pozwala na wykrywanie różnic  funkcjonalnych pomiędzy patogennymi oraz niepatogennymi odmianami  bakterii i wirusów, wykrywanie mutacji prowadzących do schorzeń, obliczanie  dystansu ewolucyjnego     Problemy   Olbrzymia moc obliczeniowa – dużo RAMu, przestrzeni na dyskach oraz wielu  procesorów    Alignment całych genomów prowadzi do identyfikacji różnic  pomiędzy organizmami co może być pomocne w  zrozumieniu:    1) Jak dane organizmy ewoluowały ?  2) Dlaczego jeden rodzaj bakterii powoduje infekcje podczas  gdy ich bliscy krewniacy nie ?  3) Dlaczego jedni ludzie są bardziej odporni na choroby niż  inni ?  4) Identyfikacji nowych celów dla leków nowej generacji –  celami w tym przypadku są unikalne fragmenty DNA  patogenów    Dlaczego potrzebujemy specjalnego algorytmu   do analiz całych genomów ?      BLAST jest dobry do przyrównań lokalnych w dużych bazach  danych  Programowanie dynamiczne sprawdza się w przyrównywaniu  krótkich sekwencji (najlepiej parami)    Potrzebny jest algorytm, który:    Dobrze wyskaluje sekwencje   Jest w stanie wykryć zmiany na dużą skalę    Dlaczego nie możemy użyć zwykłych metod do  porównań par sekwencji ?    Bo szukamy czego innego w obu rodzajach przyrównań.    W alignmencie standardowym szukamy:  mutacji punktowych, insercji, delecji, itp.    W przyrównywaniu genomowych interesują nas:  transpozycje, duże insercje oraz delecje, bloki synteniczne, itp.    Narzędzia do porównywania genomów:  • ASSIRC - Accelerated Search for SImilarity Regions in Chromosomes  –  ftp://ftp.biologie.ens.fr/pub/molbio/  (Vincens et al. 1998)  • BLAT –  –  http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start  (Kent xxx) 

(…)

… Yersinia pestis type III secretion systems
Salmonella typhi vs. E. coli - ACT
SPI-2
SPI-9
SPI-1
SPI-7 Vi
SPI-10
S. typhi
DNA
matches
E. coli
Neisseria meningitidis - A vs. B comparison - ACT
Problemy z wizualizacją genomów
• Alignment zazwyczaj przedstawiony jest w postaci tekstowej,
co stanowi poważny problem przy całych genomach – jak
przejrzeć 3 mld par zasad ?
• Narzędzia do wizualizacji muszą…
... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz