Genomika i proteomika - wykład 5

Nasza ocena:

5
Pobrań: 70
Wyświetleń: 1967
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Genomika i proteomika - wykład 5 - strona 1 Genomika i proteomika - wykład 5 - strona 2 Genomika i proteomika - wykład 5 - strona 3

Fragment notatki:


                Genomika porównawcza  Ostatnio:    -różnice w sekwencjonowaniu  metodami Sangera i Maxama- Gilberta    - jak przebiega proces  sekwencjonowania metodą Shotgun ?      Sekwencjonowanie genomów cz. 2    NGS   (Next Generation Sequencing)  Dziś:  Pirosekwencjonowanie ?  Sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym z udziałem  kwantów światła  Pål Nyrén   Mostafa Ronaghi  W 1986 roku opracowali  nowatorską metodę  sekwencjonowania –  pirosekwencjonowanie  I-sza generacja pirosekwencjonowania w  praktyce dopracowana i uruchomiona została w  1996 roku – odczyty do 100 pz oraz 30-60 mb na  turę    II-gą generację NGS opracowano w 2006 roku –  odczyty do 250 pz i maksymalnie 150 mb na  turę    III-cia generacja NGS to 2008 rok – 350 pz  maksymalnie i 400 mb na turę  W procesie pirosekwencjonowania biorą udział:    A) fragment Klenowa polimerazy I    B) Sulfurylaza ATP    C) Lucyferaza    D) Apiraza      a sam proces składa się z następujących etapów:    1. denaturacja krótkich fragmentów DNA, produktów  PCR, na specjalnych płytkach – utworzenie zestawu  jednoniciowych matryc do których przyłącza się  startery  2. polimeryzacja DNA poprzez dodawanie po kolei  każdego z nukleotydów    (DNA)n + dNTP - (DNA)n+1 + Ppi    nieprzereagowane dNTPy są  degradowane  3. produkcja ATP z PPi uwalnianego podczas  polimeryzacji nici DNA (katalizowana przez  sulfurylazę)  PPi + APS - ATP + H2SO4     4. nieprzereagowany ATP oraz nukleotydy (dNTP)  ulegają reakcji odłączania reszt fosforanowych  katalizowanej przez apirazę. Tri- i difosforany  nukleotydów zostają przekształcane w  monofosforany  ATP - AMP + 2Pi        5. powstały, w reakcji przeprowadzanej przez  sulfurylazę, ATP ulega konwersji w kolejnych dwóch  reakcjach katalizowanych przez lucyferazę    lucyferaza + lucyferyna + ATP - lucyferaza-lucyferylo- AMP + Ppi    w następnej reakcji związana lucyferyna ulega  utlenieniu  lucyferaza◦lucyferylo-AMP + O2 - lucyferaza +  oksylucyferyna + AMP + hv    foton  http://www.youtube.com/watch?v= jylCHBxTKkw  http://www.youtube.com/watch?v= vBmjrHN-hg0&feature=related  http://www.youtube.com/watch?v= 4XMO5VfLIKs&feature=related   Obecnie dostępne technologie  Dlaczego NGS jest tak przełomowe ?  Zalety NGS:  szybkość – kilka h od izolacji do wyniku  czułość – możliwość analizy SNP  specyfika – dzięki użyciu PCR mamy pewność co badamy  redukcja kosztów   ... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz