Genomika i proteomika - wykład 2

Nasza ocena:

5
Pobrań: 49
Wyświetleń: 1778
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Genomika i proteomika - wykład 2 - strona 1 Genomika i proteomika - wykład 2 - strona 2 Genomika i proteomika - wykład 2 - strona 3

Fragment notatki:


              -   Genomika porównawcza  Mapowanie genomów     cz. 1  Po co tworzymy/tworzyliśmy mapy  genomowe ?   Dzięki mapie możemy odtworzyć położenie danych  genów czy też fragmentów sekwencji.  Ma czy też miało to duże znaczenie przy  sekwencjonowaniu dużych genomów.  Co to jest mapa genomu ?  Graficzna prezentacja położenia  markerów/genów na chromosomie  Jak wygląda mapa genomu?  Genom   E.  ruminantium   Rodzaje map genomowych?  Gene ty czne   Fiz ycz ne   Courtesy of NCI Cancer Genome Anatomy Project  Rodzaje map genomowych?  Mapy genetyczne  -używają „drogowskazów” w  postaci markerów genetycznych  do pozycjonowania  poszukiwanych genów lub  sekwencji  - pokazują odległości na  chromosomie wyrażone w cM   1 cM = 1 % crossing over  Mapy fizyczne  -wykorzystują techniki biologii  molekularnej do bezpośredniej  lokalizacji badanej sekwencji DNA  - taka mapa używa jako jednostek  par zasad - pz  Mapy genetyczne  Rodzaje markerów genetycznych:  1) RFLP (ang. Restriction Fragments Lenght Polymorphism) –  polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych  - jeden z pierwszych markerów używany w badaniach  molekularnych  - jego obecność zdefiniowana jest przez występowanie w badanej  sekwencji DNA specyficznego miejsca wiązania dla enzymu  restrykcyjnego . Gdy dane miejsce jest obecne enzym rozcina  analizowaną sekwencję na dwie  Mapy genetyczne RFLP  Mapy genetyczne RFLP  Zalety i wady RFLP jako markerów genetycznych:  +    I. szybka analiza  II. stosunkowo tania metoda  -  I. tylko dwie formy alleliczne – brak lub obecność miejsca  cięcia  II. bardzo dużo miejsc cięcia w genomie dla danego enzymu.  EcoRI tnie genom ludzki na 750 000 fragmentów. Da się to  ograniczyć poprzez wstępny PCR lub Southern Blotting    Mapy genetyczne VNTRs  Rodzaje markerów genetycznych:  2)  VNTRs (ang. Variable Number of Tandem Repeats) zmienna  liczba powtórzeń tandemowych – minisatelity.  – występują w niekodującym DNA  – ten typ markera występuje jako powtarzająca sekwencja  nukleotydowa o długości 11 – 60 pz   – z reguły występują przy końcach chromosomów -  telomerach  – liczba powtórzeń motywu: 2 do 1000, w zależności od  liczby powtórzeń dany fragment DNA ma  charakterystyczną długość (polimorfizm długości widoczny  podczas elektroforezy)      Mapy genetyczne VNTRs  Wady i zalety VNTRs  +  wiele alleli co przekłada się na dużą informatywność 

(…)


powtórzenia tandemowe)
- powtórzenia kilku nukleotydów 1-4 pz
- są równomiernie rozmieszczone w genomie
- liczba powtórzeń motywu minisatelitarnego: 10 do 30 i w
zależności od ilości powtórzeń dany fragment DNA ma
charakterystyczną długość (polimorfizm długości widoczny
podczas elektroforezy)
Mapy genetyczne Mikrosatelity
Wady i zalety mikrosatelitów:
+
dużo alleli – duża informatywność
równomiernie…
... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz