Genomika i proteomika - wykład 1

Nasza ocena:

5
Pobrań: 98
Wyświetleń: 1477
Komentarze: 0
Notatek.pl

Pobierz ten dokument za darmo

Podgląd dokumentu
Genomika i proteomika - wykład 1 - strona 1 Genomika i proteomika - wykład 1 - strona 2 Genomika i proteomika - wykład 1 - strona 3

Fragment notatki:


              -   Genomika  Genomika porównawcza ?  Genom ?    obejmujący zarówno  wszystkie geny, jak i odcinki miedzygenowe.    Genom –  chromosomów.  Gatunek  Rozmiar  genomu(Mb)  Szacunkowa  liczba genów  Źródło  Eukaryota  Arabidopsis  thaliana   125  25 500  AGI (2000)  Caenorhabditis  elegans  97  19 000  CESC (1998)  Drosophila  melanogaster   180  13 600  Adams et al.  (2000)  Homo sapiens  3200  30 000–40 000  IHGSC (2001);  Venter et al.  (2001)  Saccharomyces  cerevisiae   12.1  5800  Goffeau et al.  (1996)  Gatunek  Rozmiar  genomu(Mb)  Szacunkowa liczba  genów  Żródło  Bacteria  Escherichia coli K12  4.64  4400  Blattner et al. (1997)  Mycobacterium  tuberculosis H37Rv  4.41  4000  Cole et al. (1998)  Mycoplasma  genitalium  0.58  500  Fraser et al. (1995)  Pseudomonas  aeruginosa PA01  6.26  5700  Stover et al. (2000)  Streptococcus  pneumoniae  2.16  2300  Tettelin et al. (2001)  Vibrio cholerae El Tor  N16961  4.03  4000  Heidelberg et al.  (2000)  Yersinia pestis CO92  4.65  4100  Parkhill et al. (2001)  Archaea  Archaeoglobus  fulgidus  2.18  2500  Klenk et al. (1997)  Methanococcus  jannaschii  1.66  1750  Bult et al. (1996)  1)Eukarionty  - posiadają struktury błoniaste wewnątrz komórki –  jadro, mitochondria, chloroplasty etc.  - należą do nich zwierzęta, rośliny, grzyby i protozoa.    2) Prokarionty  - brak struktur błonowych wewnątrz komórki  - wyróżniamy tu:    a) bakterie – gram ujemne i gram dodatnie    b) archebakterie – słabiej poznane, zamieszkują  ekstremalne środowiska np. gorące źródła, dna  jezior itp.       Genom eukariotyczny na przykładzie genomu człowieka    • zawiera około 20000 - 25000 genów, ale odcinki kodujące  stanowią tylko 1-3% całego genomu  • około 30% stanowią sekwencje ulegające transkrypcji oraz  sekwencje związane z genami  • pozostała część genomu to różne klasy sekwencji  powtarzających oraz sekwencje unikatowe  • geny i sekwencje związane z genami to: eksony,  introny, pseudogeny, fragmenty genów, sekwencje  regulatorowe, sekwencje początkowe i końcowe  genów.  •  pozagenowy DNA to: sekwencje unikatowe,  sekwencje powtórzone      Genom eukariotyczny na przykładzie genomu  człowieka    Rodzaje sekwencji powtórzonych:    1)  Sekwencje  powtórzone  rozproszone  (transpozony  i  retrotranspozony)  •LINE  (ang.  long  interspersed  nuclear  element)  długie 

(…)

… to sekwencja Alu.
Genom eukariotyczny na przykładzie genomu
człowieka
Rodzaje sekwencji powtórzonych:
2) Sekwencje powtórzone tandemowe (zwarte)
•satelitarne – większość powtórzeń występuję w regionach
centromerowych chromosomu, odgrywając tam prawdopodobnie
funkcje strukturalną; powtórzenia dochodzą do setek tysięcy par
zasad,
•minisatelitarne – fragmenty długości sięgającej 20 kbp, z
powtarzająca się jednostka długości około 25 bp; występują
najczęściej w telomerach lub w pobliżu końców chromosomu;
funkcja nieznana
•mikrosatelitarne – powtórzenia krótkie, zwykle poniżej 150 bp, a
jednostka powtórzona to 1-, 2-, 3-, 4 pary zasad; funkcja nieznana.
Powtórzenia tego typu znalazły zastosowanie jako marker
molekularny (np. ustalanie profilu genetycznego – kryminalistyka).
Genom jądrowy:
- zbudowany z około 3 Gp (3 miliardy par zasad)
- złożony z 24 różnych dwuniciowych liniowych cząsteczek
DNA – chromosomów
-zakres wielkości chromosomów od 55 Mbp do 250 Mbp
Genom mitochondrialny:
- zbudowany z około 16 kbp (dużo mniejszy niż genom
jądrowy)
- kolista dwuniciowa cząsteczka DNA
- występuje w mitochondrium w kilku kopiach
- obecny we wszystkich mitochondriach
- obecny w wielu kopiach w komórce (mamy…
... zobacz całą notatkę

Komentarze użytkowników (0)

Zaloguj się, aby dodać komentarz